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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fk9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mMutator MutT protein from Bacillus halodurans | ||||||
要素 | Mutator MutT protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus halodurans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Bonanno, J.B. / Freeman, J. / Bain, K.T. / Hu, S. / Romero, R. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of mMutator MutT protein from Bacillus halodurans 著者: Bonanno, J.B. / Freeman, J. / Bain, K.T. / Hu, S. / Romero, R. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fk9.cif.gz | 72.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fk9.ent.gz | 54.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fk9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/3fk9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/3fk9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | dimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21796.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア) 遺伝子: BH3570 / プラスミド: modified pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9K704 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.36 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 100mM MES pH 6.5, 20% PEG 10K, vapor diffusion, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97958 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月8日 |
放射 | モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97958 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 12601 / Num. obs: 12551 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 54.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. measured all: 10162 / Num. unique all: 1778 / Rsym value: 0.279 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / WRfactor Rfree: 0.292 / WRfactor Rwork: 0.361 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.767 / SU B: 10.806 / SU ML: 0.237 / SU R Cruickshank DPI: 0.659 / SU Rfree: 0.343 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.659 / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.52 Å2 / Biso mean: 58.37 Å2 / Biso min: 38.34 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.561 Å / Total num. of bins used: 20
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