PDB-3fch: The structure of a previously undetected carboxysome shell protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fch

タイトル

The structure of a previously undetected carboxysome shell protein: CsoS1D from Prochlorococcus marinus MED4

要素

Carboxysome shell protein CsoS1D

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / carboxysome shell protein

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of carboxysome shell /

カルボキシソーム /

炭素固定 /

光合成
類似検索 - 分子機能

生物種

Prochlorococcus marinus subsp. pastoris str. CCMP1986 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.201 Å

データ登録者

Zwart, P.H. / Klein, M.G. / Kerfeld, C.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Identification and structural analysis of a novel carboxysome shell protein with implications for metabolite transport.
著者: Klein, M.G. / Zwart, P. / Bagby, S.C. / Cai, F. / Chisholm, S.W. / Heinhorst, S. / Cannon, G.C. / Kerfeld, C.A.

履歴

登録	2008年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fch.cif.gz	236.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fch.ent.gz	196.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fch.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/3fch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/3fch	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f56C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3f56-d 4ht7-2 5lt5-1 5v75-d 4ht7-1 4ht5-d 5v76-1 5suh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Carboxysome shell protein CsoS1D

B: Carboxysome shell protein CsoS1D

61.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carboxysome shell protein CsoS1D

B: Carboxysome shell protein CsoS1D

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
183 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	7_444	x-2/3,y-1/3,z-1/3	1
crystal symmetry operation	8_544	-y+1/3,x-y-1/3,z-1/3	1
crystal symmetry operation	9_554	-x+y+1/3,-x+2/3,z-1/3	1

2

A: Carboxysome shell protein CsoS1D

B: Carboxysome shell protein CsoS1D

ソフトウェアが定義した集合体
61.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Carboxysome shell protein CsoS1D

ソフトウェアが定義した集合体
91.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

B: Carboxysome shell protein CsoS1D

ソフトウェアが定義した集合体
91.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.163, 117.163, 101.464
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Carboxysome shell protein CsoS1D 分子量: 30579.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Prochlorococcus marinus subsp. pastoris str. CCMP1986 (バクテリア) 遺伝子: PMM0547 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7V2D3
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.87 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.7M Ammonium Phosphate, 100mM CHES (pH 9.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月9日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.452
反射	解像度: 2.2→45.4 Å / Num. all: 25647 / Num. obs: 25647 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.201→45.377 Å / σ(F): 0.13 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	1987	7.75 %
R_work	0.2039	-	-
all	0.2082	25647	-
obs	0.2082	25647	97.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.489 Å² / k_sol: 0.386 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.201→45.377 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6196	0	0	43	6239

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2006-2.2601	0.3623	133	0.3203	1647	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2601-2.3266	0.3534	139	0.2943	1718	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3266-2.4017	0.3055	156	0.2879	1767	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4017-2.4875	0.3467	153	0.2726	1822	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4875-2.5871	0.3255	148	0.2468	1808	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5871-2.7048	0.3041	150	0.2601	1838	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7048-2.8474	0.2655	150	0.2379	1865	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8474-3.0258	0.2727	155	0.2301	1884	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0258-3.2593	0.274	155	0.227	1835	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2593-3.5872	0.2682	148	0.2051	1878	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5872-4.106	0.2344	155	0.1708	1886	X-RAY DIFFRACTION	98
4.106-5.1719	0.2198	155	0.1444	1873	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1719-45.3865	0.2232	157	0.1836	1872	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3472	-1.3552	0.4102	1.0629	-0.0898	0.5433	-0.2141	-0.2826	-0.1438	0.1368	0.201	0.173	0.012	0.0184	0.003	0.1987	-0.0185	-0.0137	0.1742	-0.0254	0.1591	15.0446	11.2955	-44.0409
2	1.6203	-0.2335	-0.7302	0.5698	0.9013	2.4812	0.2869	0.2917	0.1818	0.0218	0.4803	-0.1828	-0.0775	-0.1987	-0.5969	0.1584	-0.0072	0.0634	0.1392	0.0528	0.507	18.4919	0.3652	-45.7841
3	2.653	1.3132	2.5481	4.8354	-3.7434	3.4868	0.2939	-0.1337	-0.1532	1.4456	-0.5205	-0.5983	-0.7685	-0.294	0.2541	0.5412	-0.3028	-0.1993	0.376	0.1174	0.2651	28.4763	4.1984	-38.069
4	0.4172	-1.4978	-0.0673	1.6083	0.8853	1.2881	0.1292	0.0432	0.1503	-0.2644	-0.1397	-0.2218	-0.0646	-0.2425	0.0147	0.1306	-0.0213	0.0065	0.1587	0.0489	0.2055	41.0225	25.4769	-38.6979
5	1.0848	-1.3377	-1.6671	-0.2474	1.4491	4.3433	1.0237	-0.018	0.9292	0.0978	0.489	-0.2429	-0.3479	-0.6429	-1.1676	0.1212	0.0268	0.1855	0.2436	0.1154	0.6447	48.862	19.2446	-39.1618
6	4.181	-0.8626	-1.3717	1.4703	-0.9427	0.2849	0.43	1.1113	0.0816	-0.1509	0.0372	0.053	0.0341	-0.3327	-0.1962	0.3292	-0.0602	0.0305	0.5232	-0.0644	0.2136	40.0001	11.0063	-45.2723

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 50:217
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 218:236
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 237:254
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resid 54:220
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and resid 221:235
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 236:256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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