+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3eu5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of FTase(ALPHA-subunit; BETA-subunit DELTA C10) in complex with BiotinGPP | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / protein prenylation / prenylome analysis / Prenyltransferase (プレニル基転移酵素) / Metal-binding / Phosphoprotein / Zinc (亜鉛) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein geranylgeranyltransferase type I / protein farnesylation / positive regulation of tubulin deacetylation / protein farnesyltransferase ...Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein geranylgeranyltransferase type I / protein farnesylation / positive regulation of tubulin deacetylation / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / regulation of fibroblast proliferation / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / farnesyltranstransferase activity / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / microtubule associated complex / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / alpha-tubulin binding / response to inorganic substance / positive regulation of cell cycle / response to cytokine / wound healing / lipid metabolic process / response to organic cyclic compound / receptor tyrosine kinase binding / positive regulation of fibroblast proliferation / fibroblast proliferation / microtubule binding / cell population proliferation / molecular adaptor activity / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, Z. / Nguyen, U.T.T. / Delon, C. / Bon, R.S. / Blankenfeldt, W. / Goody, R.S. / Waldmann, H. / Wolters, D. / Alexandrov, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2009 タイトル: Analysis of the eukaryotic prenylome by isoprenoid affinity tagging 著者: Nguyen, U.T.T. / Guo, Z. / Delon, C. / Wu, Y. / Deraeve, C. / Franzel, B. / Bon, R.S. / Blankenfeldt, W. / Goody, R.S. / Waldmann, H. / Wolters, D. / Alexandrov, K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3eu5.cif.gz | 307.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3eu5.ent.gz | 252.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3eu5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/3eu5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/3eu5 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44098.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: coexpression of alpha-subunit from pGATEV and engineered beta-subunit from pET27b 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pGATEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON-PLUS RIL (DE3) 参照: UniProt: Q04631, protein farnesyltransferase, protein geranylgeranyltransferase type I |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 47749.340 Da / 分子数: 1 Fragment: DELTA C-terminus 10 AA, RABGGTase BETA-subunit, UNP residues 1-427 由来タイプ: 組換発現 詳細: coexpression of alpha-subunit from pGATEV and engineered beta-subunit from pET27b 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET27b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON-PLUS RIL (DE3) / 参照: UniProt: Q02293, protein farnesyltransferase |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 化合物 | ChemComp-GBO / ( |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.84 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% (w/v) PEG 4000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0007 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月25日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0007 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 30693 / Num. obs: 30615 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 53 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 20.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 30615 / Rsym value: 0.335 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1FT1 解像度: 2.8→29.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 21.465 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.562 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.96 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|