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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3eob | ||||||
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タイトル | Crystal structure the Fab fragment of Efalizumab in complex with LFA-1 I domain, Form II | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM/CELL ADHESION (免疫系) / Efalizumab / Fab / antibody (抗体) / LFA-1 / CD11a / I domain / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Calcium (カルシウム) / Cell adhesion (細胞接着) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Integrin (インテグリン) / Magnesium (マグネシウム) / Membrane (生体膜) / Polymorphism / Receptor / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / IMMUNE SYSTEM-CELL ADHESION COMPLEX (免疫系) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / ICAM-3 receptor activity / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / integrin complex / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / cell adhesion mediated by integrin / leukocyte cell-cell adhesion / receptor clustering ...memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / ICAM-3 receptor activity / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / integrin complex / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / cell adhesion mediated by integrin / leukocyte cell-cell adhesion / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / 食作用 / cell adhesion molecule binding / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / 細胞接着 / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / 細胞接着 / 炎症 / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular exosome / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Li, S. / Ding, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009 タイトル: Efalizumab binding to the LFA-1 alphaL I domain blocks ICAM-1 binding via steric hindrance. 著者: Li, S. / Wang, H. / Peng, B. / Zhang, M. / Zhang, D. / Hou, S. / Guo, Y. / Ding, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3eob.cif.gz | 219.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3eob.ent.gz | 185.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3eob.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/3eob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/3eob | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23436.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGG1 #2: 抗体 | 分子量: 23751.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGG1 #3: タンパク質 | 分子量: 20678.686 Da / 分子数: 2 / Fragment: I domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LFA-1 I domain / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20701 #4: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.2 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 0.1M sodium cacodylate, 0.2M zinc acetate, 11% w/v PEG 8000, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月27日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.6→50 Å / Num. all: 21109 / Num. obs: 20645 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Rsym value: 0.203 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2014 / Rsym value: 0.622 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.6→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.44 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.6→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.6→3.83 Å
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