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- PDB-3elq: Crystal structure of a bacterial arylsulfate sulfotransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3elq
タイトルCrystal structure of a bacterial arylsulfate sulfotransferase
要素Arylsulfate sulfotransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / BETA PROPELLER (Βプロペラドメイン) / PROTEIN-SUBSTRATE COMPLEX / PERIPLASM (ペリプラズム) / TRANSESTERIFICATION (エステル交換反応) / SULFATE (硫酸塩) / PHENOL (フェノール) / BACTERIA (細菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


aryl-sulfate sulfotransferase / arylsulfate sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase activity / ペリプラズム / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Arylsulphate sulphotransferase monomer, N-terminal domain / Arylsulfotransferase, bacteria / Arylsulfate sulfotransferase AssT, Enterobacteria / Arylsulfotransferase, N-terminal domain / Arylsulfotransferase, N-terminal domain superfamily / Arylsulfotransferase (ASST) / Arylsulfotransferase Ig-like domain / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Arylsulfate sulfotransferase AssT
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Malojcic, G. / Owen, R.L. / Grimshaw, J.P. / Glockshuber, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: A structural and biochemical basis for PAPS-independent sulfuryl transfer by aryl sulfotransferase from uropathogenic Escherichia coli.
著者: Malojcic, G. / Owen, R.L. / Grimshaw, J.P. / Brozzo, M.S. / Dreher-Teo, H. / Glockshuber, R.
履歴
登録2008年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arylsulfate sulfotransferase
B: Arylsulfate sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,03421
ポリマ－127,6932
非ポリマー1,34019
水18,1951010
1
A: Arylsulfate sulfotransferase
B: Arylsulfate sulfotransferase
ヘテロ分子

A: Arylsulfate sulfotransferase
B: Arylsulfate sulfotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,06742
ポリマ－255,3874
非ポリマー2,68138
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x+y,y,-z+2/31
Buried area25420 Å2
ΔGint-511 kcal/mol
Surface area73900 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6380 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area43280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.727, 181.727, 100.428
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

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要素

#1: タンパク質 Arylsulfate sulfotransferase


分子量: 63846.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CFT073 / 遺伝子: ASTA, EcF11_2091 / プラスミド: PDSBA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12
参照: UniProt: B3HTA9, UniProt: Q8FDI4*PLUS, aryl-sulfate sulfotransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1010 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.8M LITHIUM SULFATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2006年8月29日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2006年10月25日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→60 Å / Num. obs: 124546 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2.994 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 7897 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.3精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→33.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 5.284 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.144
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. PHENIX was also used for refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 2013 1.6 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.208 122878 100 %-
all-180194 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.94 Å2-1.97 Å20 Å2
2---3.94 Å20 Å2
3---5.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.144 Å0.147 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8924 0 63 1010 9997
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0229195
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0150.026159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1881.94912500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9413.00115010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.73951136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.3124.537443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.366151503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1481548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021845
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.21655
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.26716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.24547
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.24604
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2892
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.120.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1940.296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7971.55993
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9421.52311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.96729069
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.45333980
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9914.53426
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / 数: 7516 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.180.5
medium thermal0.392
LS精密化 シェル解像度: 2→2.06 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 131 -
Rwork0.319 7897 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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