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万見
- PDB-3r31: Crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase from Agrobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r31
タイトルCrystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase from Agrobacterium tumefaciens
要素Betaine aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / betaine aldehyde dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


ベタインアルデヒドデヒドロゲナーゼ / betaine-aldehyde dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Betaine aldehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...Betaine aldehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD/NADP-dependent betaine aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.148 Å
データ登録者Agarwal, R. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase from Agrobacterium tumefaciens
著者: Agarwal, R. / Almo, S.C. / Swaminathan, S.
履歴
登録2011年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Betaine aldehyde dehydrogenase
B: Betaine aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,7474
ポリマ－110,6232
非ポリマー1242
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area34050 Å2
手法PISA
2
A: Betaine aldehyde dehydrogenase
B: Betaine aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Betaine aldehyde dehydrogenase
B: Betaine aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,4958
ポリマ－221,2464
非ポリマー2484
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area16360 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area60450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.879, 98.879, 174.578
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Betaine aldehyde dehydrogenase / BADH


分子量: 55311.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: betB, Atu0829, AGR_C_1515 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIPL
参照: UniProt: Q8UH56, ベタインアルデヒドデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Bis-tris pH 6.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9891 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si-III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.148→50 Å / Num. all: 54545 / Num. obs: 54545 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.7 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.148→2.23 Å / 冗長度: 21 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 3740 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.148→43.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 5.242 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24526 2767 5.1 %RANDOM
Rwork0.19422 ---
obs0.1968 51767 99.92 %-
all-54545 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.232 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.148→43.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7133 0 8 219 7360
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0227286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9431.9659892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8635962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.93324.605291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.734151148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.691536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.21120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0731.54770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.92327605
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.46532516
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2824.52287
LS精密化 シェル解像度: 2.148→2.204 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 196 -
Rwork0.215 3769 -
obs-3740 99.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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