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Yorodumi- PDB-3eig: Crystal structure of a methotrexate-resistant mutant of human dih... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3eig | ||||||
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Title | Crystal structure of a methotrexate-resistant mutant of human dihydrofolate reductase | ||||||
Components | Dihydrofolate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / MUTANT HUMAN DIHYDROFOLALE REDUCTASE / NADP / One-carbon metabolism | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / sequence-specific mRNA binding / response to methotrexate / axon regeneration / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription ...regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / sequence-specific mRNA binding / response to methotrexate / axon regeneration / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / folic acid metabolic process / dihydrofolate reductase activity / NADPH binding / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / tetrahydrofolate biosynthetic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / one-carbon metabolic process / NADP binding / negative regulation of translation / mRNA binding / mitochondrion / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Yachnin, B.J. / Berghuis, A.M. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2009 Title: Multiple conformers in active site of human dihydrofolate reductase F31R/Q35E double mutant suggest structural basis for methotrexate resistance. Authors: Volpato, J.P. / Yachnin, B.J. / Blanchet, J. / Guerrero, V. / Poulin, L. / Fossati, E. / Berghuis, A.M. / Pelletier, J.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3eig.cif.gz | 59 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3eig.ent.gz | 41.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3eig.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/3eig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/3eig | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1u72S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21360.531 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: F31R, Q35E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DHFR, DHFRP1 / Plasmid: pET24 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P00374, dihydrofolate reductase | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-MTX / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-CD / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.2 M sodium dihydrogen phosphate, 2.0 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU RUH3R / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jan 24, 2008 / Details: Osmic Confocal Blue |
Radiation | Monochromator: Rotating copper anode (1.5418) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→50 Å / Num. all: 20461 / Num. obs: 20461 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 21.584801 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 14.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.76 Å / Redundancy: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / Num. unique all: 1941 / Rsym value: 0.473 / % possible all: 93.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1U72 Resolution: 1.7→10.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.707 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.122 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.372 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→10.52 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.7→1.742 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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