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Yorodumi- PDB-3eeu: Structure of the RNA pyrophosphohydrolase BdRppH in complex with ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3eeu | ||||||
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Title | Structure of the RNA pyrophosphohydrolase BdRppH in complex with Holmium | ||||||
Components | Probable pyrophosphohydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Nudix / RNA pyrophosphohydrolase | ||||||
Function / homology | Function and homology information 8-oxo-dGTP diphosphatase / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA replication / DNA repair / GTP binding / identical protein binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bdellovibrio bacteriovorus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Messing, S.A. / Gabelli, S.B. / Amzel, L.M. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2009 Title: Structure and Biological Function of the RNA Pyrophosphohydrolase BdRppH from Bdellovibrio bacteriovorus. Authors: Messing, S.A. / Gabelli, S.B. / Liu, Q. / Celesnik, H. / Belasco, J.G. / Pineiro, S.A. / Amzel, L.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3eeu.cif.gz | 67.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3eeu.ent.gz | 51 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3eeu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eeu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eeu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | Gel filtration was used to determine the biological assembly. |
-Components
#1: Protein | Mass: 17634.312 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bdellovibrio bacteriovorus (bacteria) / Strain: HD100 / Gene: mutT, Bd0714 / Plasmid: pET24a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q6MPX4, Hydrolases; Acting on acid anhydrides; In phosphorus-containing anhydrides #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 38.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: hanging drop / pH: 4 Details: PEG 4000, Na acetate, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: OTHER / Wavelength: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS4 / Detector: IMAGE PLATE / Date: May 26, 2006 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 19802 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Χ2: 1.404 / Net I/σ(I): 43.438 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2→30.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.278 / WRfactor Rwork: 0.236 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.817 / SU B: 9.53 / SU ML: 0.135 / SU R Cruickshank DPI: 0.235 / SU Rfree: 0.201 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.181 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 74.19 Å2 / Biso mean: 45.414 Å2 / Biso min: 20.12 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→30.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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