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万見
- PDB-3eb4: Voltage-dependent K+ channel beta subunit (I211R) in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eb4
タイトルVoltage-dependent K+ channel beta subunit (I211R) in complex with cortisone
要素Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / oxidoreductase (酸化還元酵素) / kvbeta / cortisone (コルチゾン) / interface / Cytoplasm (細胞質) / Ion transport / Ionic channel (イオンチャネル) / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / Phosphoprotein / Potassium (カリウム) / Potassium transport / Transport / Voltage-gated channel (電位依存性イオンチャネル)
機能・相同性
機能・相同性情報


pinceau fiber / regulation of action potential / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / NADPH oxidation / axon initial segment / regulation of protein localization to cell surface / aldo-keto reductase (NADPH) activity / juxtaparanode region of axon / regulation of potassium ion transmembrane transport ...pinceau fiber / regulation of action potential / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / NADPH oxidation / axon initial segment / regulation of protein localization to cell surface / aldo-keto reductase (NADPH) activity / juxtaparanode region of axon / regulation of potassium ion transmembrane transport / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / myoblast differentiation / Neutrophil degranulation / neuromuscular process / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel regulator activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / axon terminus / voltage-gated potassium channel complex / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / postsynaptic density membrane / cytoplasmic side of plasma membrane / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / 細胞骨格 / neuron projection / 神経繊維 / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / 生体膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / NADP-dependent oxidoreductase domain / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / 17,21-DIHYDROXYPREGNA-1,4-DIENE-3,11,20-TRIONE / Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pan, Y. / Weng, J. / Kabaleeswaran, V. / Li, H. / Cao, Y. / Bhosle, R.C. / Zhou, M.
引用
ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: Cortisone dissociates the Shaker family K+ channels from their beta subunits.
著者: Pan, Y. / Weng, J. / Kabaleeswaran, V. / Li, H. / Cao, Y. / Bhosle, R.C. / Zhou, M.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Structure of a voltage-dependent K+ channel beta subunit.
著者: Gulbis, J.M. / Mann, S. / MacKinnon, R.
#2: ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: Structure of the cytoplasmic beta subunit-T1 assembly of voltage-dependent K+ channels.
著者: Gulbis, J.M. / Zhou, M. / Mann, S. / MacKinnon, R.
履歴
登録2008年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7203
ポリマ－36,6161
非ポリマー1,1042
水2,882160
1
A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,88012
ポリマ－146,4654
非ポリマー4,4158
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area15070 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area49280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.260, 113.260, 147.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 / / K(+) channel subunit beta-2 / Kv-beta-2


分子量: 36616.227 Da / 分子数: 1 / 断片: cytoplasmic Kvbeta subunit / 変異: I211R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kcnab2, Ckbeta2, Kcnb3 / プラスミド: pET31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62483
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-PDN / 17,21-DIHYDROXYPREGNA-1,4-DIENE-3,11,20-TRIONE / PREDNISONE / 1,4 PREGNADIENE-17ALPHA,21-DIOL-3,11,20-TRIONE / 1-CORTISONE / DEHYDROCORTISONE / プレドニゾン


分子量: 358.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H26O5 / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 6-15% glycerol, 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
PH範囲: 7.9 - 8.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97893 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月26日
放射モノクロメーター: single Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 35198 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 35.66
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 4.48 / Num. unique all: 3063 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1EXB, chain A, beta subunit

1exb


解像度: 2→40.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 3391309.07 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1614 5.1 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 31907 97.6 %-
all-34405 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.3035 Å2 / ksol: 0.35606 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.85 Å20 Å20 Å2
2---0.85 Å20 Å2
3---1.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2568 0 74 161 2803
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.82.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 160 5 %
Rwork0.262 3063 -
obs-3063 56.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2l.paraml.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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