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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3e9f | ||||||
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タイトル | Crystal structure short-form (residue1-113) of Eaf3 chromo domain | ||||||
要素 | Chromatin modification-related protein EAF3 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / chromatin remodeling (クロマチンリモデリング) / Eaf3 / chromo domain (クロモリトグラフ) / transcription factor (転写因子) / transcription regulation / Chromatin regulator / DNA damage (DNA修復) / DNA repair (DNA修復) / Nucleus (Nucleus) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleosome disassembly/reassembly complex / negative regulation of antisense RNA transcription / Rpd3S complex / regulation of RNA stability / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / NuA4 histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase complex / transcription elongation by RNA polymerase II ...nucleosome disassembly/reassembly complex / negative regulation of antisense RNA transcription / Rpd3S complex / regulation of RNA stability / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / NuA4 histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase complex / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / nucleosome assembly / DNA修復 / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, B. / Hong, J. / Zhang, P. / Lin, D. / Ding, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Molecular Basis of the Interaction of Saccharomyces cerevisiae Eaf3 Chromo Domain with Methylated H3K36 著者: Sun, B. / Hong, J. / Zhang, P. / Dong, X. / Shen, X. / Lin, D. / Ding, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3e9f.cif.gz | 59.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3e9f.ent.gz | 42.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3e9f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/3e9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/3e9f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14103.966 Da / 分子数: 1 / 断片: Eaf3, UNP residues 1-113 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12432 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MES / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 % / Mosaicity: 0.75 ° |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 30% polyethylene glycol 6000, 0.1M MES, pH 6.0, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 12156 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 1.064 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2F5K 解像度: 1.8→25.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.185 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.46 Å2 / Biso mean: 26.1 Å2 / Biso min: 14.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /
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