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- PDB-3e5r: Crystal structure and Functional Analysis of Glyceraldehyde-3-pho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e5r
タイトルCrystal structure and Functional Analysis of Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase from Oryza Sativa
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, cytosolicGlyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / GAPDH / Glyceraldehyde-3-phosphate (グリセルアルデヒド-3-リン酸) / Oryza Sativa (イネ) / rice (米) / Cytoplasm (細胞質) / Glycolysis (解糖系) / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ (リン酸化) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 1, cytosolic
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tien, Y.C. / Lin, Y.H. / Chang, S.L. / Chen, C.J.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure and Functional Analysis of Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase from Oryza Sativa
著者: Tien, Y.C. / Lin, Y.H. / Chang, S.L. / Chen, C.J.
履歴
登録2008年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, cytosolic
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, cytosolic
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, cytosolic
C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, cytosolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,4888
ポリマ－145,8344
非ポリマー2,6544
水15,187843
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19760 Å2
ΔGint-138.1 kcal/mol
Surface area45060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.445, 129.558, 77.578
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, cytosolic / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase / PP38


分子量: 36458.609 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
株: Japonica cultivar-group / 遺伝子: GAPDH / プラスミド: pET-sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q0J8A4, グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ (リン酸化)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 843 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1
詳細: 0.1M citric acid, 16%(w/v) PEG3350, pH4.1, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2008年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 57264 / Num. obs: 57264 / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.162

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1U8F

1u8f


解像度: 2.3→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 57264 -use make_cv program file provided by CNS
Rwork0.199 ---
all-57264 --
obs-57264 96.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 0.5 Å2 / Biso mean: 0.055 Å2 / Biso min: 0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10212 0 176 843 11231
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 5793 -
Rwork0.199 --
obs-5793 98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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