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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3db2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative nadph-dependent oxidoreductase (dhaf_2064) from desulfitobacterium hafniense dcb-2 at 1.70 A resolution | ||||||
![]() | putative NADPH-dependent oxidoreductase | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of putative NADPH-dependent oxidoreductase (ZP_01370612.1) from DESULFITOBACTERIUM HAFNIENSE DCB-2 at 1.70 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 221.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 179.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | AUTHORS STATE THAT SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39909.992 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ZP_01370612.1, Dhaf_4026 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 配列の詳細 | THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 |
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.7→29.748 Å / Num. obs: 120878 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 4.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 2
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. GLYCEROL MOLECULES FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION ARE MODELED. 4. THE DIFFRACTION DATA IS TWINNED WITH THE TWINNING OPERATOR "-H,-K,L" AND THE REFINED TWIN FRACTION IS 0.407.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.353 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.748 Å
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拘束条件 |
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