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- PDB-3cwb: Chicken Cytochrome BC1 Complex inhibited by an iodinated analogue... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cwb
タイトルChicken Cytochrome BC1 Complex inhibited by an iodinated analogue of the polyketide Crocacin-D
要素
  • (MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE ...) x 6
  • (MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN ...) x 2
  • Cytochrome bシトクロムb
  • MITOCHONDRIAL CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Crocacin D / inhibitor design / structure-activity relationship / polyketide (ポリケチド) / fungicide (殺菌剤 (農薬その他)) / CYTOCHROME BC1 (ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / HEME PROTEIN / RIESKE IRON SULFUR PROTEIN / CYTOCHROME B (シトクロムb) / CYTOCHROME C1 / COMPLEX III (ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ) / MITOCHONDRIAL PROCESSING PROTEA UBIQUINONE / REDOX ENZYME / RESPIRATORY CHAIN (電子伝達系) / Electron transport (電子伝達系) / Heme (ヘム) / Inner membrane / Iron (鉄) / Membrane (生体膜) / Metal-binding / Mitochondrion (ミトコンドリア) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Respiratory electron transport / quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / oxidoreductase activity ...Respiratory electron transport / quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / oxidoreductase activity / heme binding / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C ...Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / 3-layer Sandwich / シトクロムb / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / リボン / Helix Hairpins / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-ICX / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Unknown ligand / Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer / Complex III subunit 9 ...AZIDE ION / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-ICX / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Unknown ligand / Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer / Complex III subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Mitochondrial ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Mitochondrial ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein i / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / シトクロムb / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / Rigid Body Refinement / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Huang, L. / Cromartie, T. / Viner, R. / Crowley, P.J. / Berry, E.A.
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: The role of molecular modeling in the design of analogues of the fungicidal natural products crocacins A and D.
著者: Crowley, P.J. / Berry, E.A. / Cromartie, T. / Daldal, F. / Godfrey, C.R. / Lee, D.W. / Phillips, J.E. / Taylor, A. / Viner, R.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Electron transfer by domain movement in cytochrome bc1.
著者: Zhang, Z. / Huang, L. / Shulmeister, V.M. / Chi, Y.I. / Kim, K.K. / Hung, L.W. / Crofts, A.R. / Berry, E.A. / Kim, S.H.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Binding of the respiratory chain inhibitor antimycin to the mitochondrial bc1 complex: a new crystal structure reveals an altered intramolecular hydrogen-bonding pattern.
著者: Huang, L.S. / Cobessi, D. / Tung, E.Y. / Berry, E.A.
履歴
登録2008年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22014年10月29日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _software.name
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.02023年8月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN I
B: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2
C: Cytochrome b
D: MITOCHONDRIAL CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN
E: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR PROTEIN
F: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 14 KDA PROTEIN
G: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE UBIQUINONE-BINDING PROTEIN QP-C
H: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 11 KDA PROTEIN, COMPLEX III SUBUNIT VIII
I: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, leader sequence
J: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 7.2 KDA PROTEIN
N: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN I
O: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2
P: Cytochrome b
Q: MITOCHONDRIAL CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN
R: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR PROTEIN
S: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 14 KDA PROTEIN
T: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE UBIQUINONE-BINDING PROTEIN QP-C
U: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 11 KDA PROTEIN, COMPLEX III SUBUNIT VIII
V: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, leader sequence
W: MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 7.2 KDA PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)481,89754
ポリマ－462,91620
非ポリマー18,98134
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area106980 Å2
ΔGint-706 kcal/mol
Surface area156630 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)174.778, 182.663, 242.945
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a homodimer of hetero-11-mers. Subunit 11 is not essential for activity and is missing in our preparation. The asymmetric unit of this crystal form contains one copy of the biological unit, two copies each of 10 proteins. The deposited structure is the asymmetric unit.

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要素

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MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN ... , 2種, 4分子 ANBO

#1: タンパク質 MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN I


分子量: 49503.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX31*PLUS
#2: タンパク質 MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2


分子量: 46683.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX29*PLUS

-
タンパク質 , 2種, 4分子 CPDQ

#3: タンパク質 Cytochrome b / シトクロムb / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / ...Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Complex III subunit 3 / Complex III subunit III


分子量: 42622.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P18946
#4: タンパク質 MITOCHONDRIAL CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN


分子量: 26973.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)

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MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE ... , 6種, 12分子 ERFSGTHUIVJW

#5: タンパク質 MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR PROTEIN


分子量: 21506.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q5ZLR5*PLUS
#6: タンパク質 MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 14 KDA PROTEIN


分子量: 13394.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX30*PLUS
#7: タンパク質 MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE UBIQUINONE-BINDING PROTEIN QP-C


分子量: 9498.735 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX32*PLUS
#8: タンパク質 MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 11 KDA PROTEIN, COMPLEX III SUBUNIT VIII


分子量: 9057.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX28*PLUS
#9: タンパク質 MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, leader sequence


分子量: 5211.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q5ZLR5
#10: タンパク質 MITOCHONDRIAL UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE 7.2 KDA PROTEIN


分子量: 7005.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX27*PLUS

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糖 , 1種, 6分子

#12: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド / Octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 10種, 44分子

#11: 化合物
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE / Discrete optimized protein energy


分子量: 744.034 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#13: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド / アジ化物


分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#14: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#15: 化合物 ChemComp-ICX / methyl N-[(5Z)-6-({[4-(4-iodobenzyl)phenyl]carbonyl}amino)hex-5-enoyl]glycinate


分子量: 520.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25IN2O4
#16: 化合物 ChemComp-UQ / Coenzyme Q10, (2Z,6E,10Z,14E,18E,22E,26Z)-isomer


分子量: 863.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#17: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#18: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL / Cardiolipin


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#19: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#20: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#21: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細RESIDUES 1-446 OF ENTITY 1 = 33-478 OF NCBI XM_414356.2; RESIDUES 1-441 OF ENTITY 2 = 17-457 OF ...RESIDUES 1-446 OF ENTITY 1 = 33-478 OF NCBI XM_414356.2; RESIDUES 1-441 OF ENTITY 2 = 17-457 OF NCBI XM_424611.2; RESIDUES 1-380 OF ENTITY 3 = 1-380 OF NCBI NC_001323.1; RESIDUES 1-196 OF ENTITY 5 = 77-272 OF NCBI NM_001005843.1; RESIDUES 1-110 OF ENTITY 6 = 2-111 OF NCBI XM_418347.2; RESIDUES 1-81 OF ENTITY 7 = 37-117 OF NCBI XM_414651.1; RESIDUES 1-77 OF ENTITY 8 = 2-78 OF NCBI XM_001235147.1; RESIDUES 1-76 OF ENTITY 9 = 1-76 OF NCBI NM_001005843.1 (NOTE THIS IS THE SAME GENE AS ENTITY 5); RESIDUES 1-56 OF ENTITY 10 = 8-63 OF NCBI XM_001234249.1. FOR ENTITY 4 , THERE IS NO ANNOTATED ORF COVERING THE SEQUENCE, BUT THE NUCLEOTIDE SEQUENCE IS AVAILABLE IN THREE ENTRIES: TRANSLATE BASES 250-543 OF NCBI BI390492 GIVES RESIDUES 1-98, TRANSLATE BASES 3-692 OF NCBI BX934107 GIVES RESIDUES 12-241, TRANSLATE BASES 3-656 OF NCBI BX929288 GIVES RESIDUES 24-241. AT PRESENT THE NCBI SEQUENCES CAN BE OBTAINED FROM THE URL: HTTP://WWW.NCBI.NLM.NIH.GOV/ENTREZ/VIEWER.FCGI?VAL=, WHERE IS THE NCBI NUMBER GIVEN ABOVE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 20MM KMES, 75MM NACL, 10% GLYCEROL, 6% PEG4000. Crystal soaked with the inhibitor and RbBr salt, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.741439, 1.239798, 0.920205
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月4日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.7414391
21.2397981
30.9202051
反射解像度: 3.5→60 Å / Num. obs: 96135 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 56.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rsym value: 0.178 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Rsym value: 0.99 / % possible all: 78.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
Blu-Iceデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: Rigid Body Refinement
開始モデル: PDB ENTRY 1BCC AFTER FURTHER REFINEMENT

1bcc


解像度: 3.51→21.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 7037765.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Three datasets were obtained at different wavelengths. Data reduction statistics are given for the second wavelength, 1.239798 A, except for R-merge which is from merging the three datasets. ...詳細: Three datasets were obtained at different wavelengths. Data reduction statistics are given for the second wavelength, 1.239798 A, except for R-merge which is from merging the three datasets. Refinement was against the resulting single merged dataset. The purpose of the multiple wavelength data collection was to locate the iodine atom in the inhibitor (successful) and cation and anion (RbCl) binding sites (unsuccesful). Only the merged data is deposited. Entity 9 is mobile in the crystals, occupying two or more different position. Only the major position is modeled. Overall occupancy was refined for this domain resulting in occupancy less than 1.0 for chain E in its predominant position. Some of the lipid and detergent molecules also refined to occupancy less than 1.0.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.319 4899 5.1 %RANDOM
Rwork0.285 ---
obs0.285 96135 98.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 12.8267 Å2 / ksol: 0.22 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 100 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-29.42 Å20 Å20 Å2
2---28.84 Å20 Å2
3----0.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.7 Å0.6 Å
Luzzati d res low-10 Å
Luzzati sigma a0.87 Å0.77 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.51→21.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31806 0 874 16 32696
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.431.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.622
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.642.5
LS精密化 シェル解像度: 3.51→3.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 284 5.5 %
Rwork0.423 4847 -
obs--79.3 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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