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- PDB-3b9q: The crystal structure of cpFtsY from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b9q
タイトルThe crystal structure of cpFtsY from Arabidopsis thaliana
要素Chloroplast SRP receptor homolog, alpha subunit CPFTSY
キーワードPROTEIN TRANSPORT / cpFtsY / SRP receptor / protein translocation / GTP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / protein targeting / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
SRP54, nucleotide-binding domain / Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP/SRP receptor, N-terminal / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain ...SRP54, nucleotide-binding domain / Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP/SRP receptor, N-terminal / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Cell division protein FtsY homolog, chloroplastic / Cell division protein FtsY homolog, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Stengel, K.F. / Wild, K. / Sinning, I.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2007
タイトル: The structure of the chloroplast signal recognition particle (SRP) receptor reveals mechanistic details of SRP GTPase activation and a conserved membrane targeting site
著者: Stengel, K.F. / Holdermann, I. / Wild, K. / Sinning, I.
履歴
登録2007年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloroplast SRP receptor homolog, alpha subunit CPFTSY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7052
ポリマ－32,6031
非ポリマー1021
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.897, 84.150, 99.374
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-458-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Chloroplast SRP receptor homolog, alpha subunit CPFTSY


分子量: 32602.633 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 65-366 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SWS7, UniProt: O80842*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 37226 / Num. obs: 36935 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 25.069 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 5002 / Rsym value: 0.405 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0008精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FTS

1fts


解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 6.632 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27944 1847 5 %RANDOM
Rwork0.2232 ---
obs0.226 35088 98.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.672 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å20 Å20 Å2
2--1.98 Å20 Å2
3----1.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2261 0 7 225 2493
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222292
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.441.9963087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.4685299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.95525.11488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.95215436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8271513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021650
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21075
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.21579
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.20.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4841.51538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.99122362
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1613857
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3614.5723
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.25632395
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.2693225
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.60332268
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.462 119 -
Rwork0.322 2393 -
obs--92.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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