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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3aha | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the complex between gp41 fragments N36 and C34 mutant N126K/E137Q | ||||||
要素 | (Transmembrane protein gp41膜貫通型タンパク質) x 2 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / coiled-coil (コイルドコイル) / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX (ウイルス性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Izumi, K. / Nakamura, S. / Nakano, H. / Shimura, K. / Sakagami, Y. / Oishi, S. / Uchiyama, S. / Ohkubo, T. / Kobayashi, Y. / Fujii, N. ...Izumi, K. / Nakamura, S. / Nakano, H. / Shimura, K. / Sakagami, Y. / Oishi, S. / Uchiyama, S. / Ohkubo, T. / Kobayashi, Y. / Fujii, N. / Matsuoka, M. / Kodama, E.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Antiviral Res. / 年: 2010 タイトル: Characterization of HIV-1 resistance to a fusion inhibitor, N36, derived from the gp41 amino terminal heptad repeat. 著者: Izumi, K. / Nakamura, S. / Nakano, H. / Shimura, K. / Sakagami, Y. / Oishi, S. / Uchiyama, S. / Ohkubo, T. / Kobayashi, Y. / Fujii, N. / Matsuoka, M. / Kodama, E.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3aha.cif.gz | 59.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3aha.ent.gz | 44 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3aha.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/3aha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/3aha | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1aikS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4208.886 Da / 分子数: 3 / 断片: gp41 fragment N36 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72502, UniProt: Q70626*PLUS #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4289.715 Da / 分子数: 3 / 断片: gp41 fragment C34 / Mutation: N126K, E137Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70626 #3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.05 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 80mM ammonium chloride, 16% 2-methylpentan-2,4-diol, 25% isopropanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年8月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→35 Å / Num. obs: 27434 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 3.61 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / % possible all: 99.95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AIK 解像度: 1.7→23.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 1.874 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.491 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→23.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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