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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zg2 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Two N-terminal Domains of Native Siglec-5 | ||||||
要素 | Sialic acid-binding Ig-like lectin 5 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM/CARBOHYDRATE BINDING PROTEIN (免疫系) / Siglec-5 inhibitory receptor / two-domain structure / V-set / C2-set / Ig-like domain / sialic acid (シアル酸) / Cell adhesion (細胞接着) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Immunoglobulin domain (免疫グロブリンフォールド) / Lectin (レクチン) / Membrane (生体膜) / Polymorphism / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / IMMUNE SYSTEM-CARBOHYDRATE BINDING PROTEIN COMPLEX (免疫系) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sialic acid binding / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / secretory granule membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / carbohydrate binding / 細胞接着 / Neutrophil degranulation / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 単波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Zhuravleva, M.A. / Sun, P.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Structural implications of Siglec-5-mediated sialoglycan recognition 著者: Zhuravleva, M.A. / Trandem, K. / Sun, P.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zg2.cif.gz | 56.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2zg2.ent.gz | 40.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zg2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/2zg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/2zg2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24532.592 Da / 分子数: 1 断片: N-terminal V-set and C2-set domain, UNP residues 20-233 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIGLEC5 / プラスミド: pET30a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15389 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.88 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% MPEG 550, 0.1M TRIS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月9日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 9235 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 23 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.75 Å / Rsym value: 0.47 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換, 単波長異常分散 開始モデル: PDB ENTRY 1O7S and 1VCA 解像度: 2.85→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 88 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.85→2.98 Å /
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Xplor file |
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