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- PDB-2zc0: Crystal structure of an archaeal alanine:glyoxylate aminotransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zc0
タイトルCrystal structure of an archaeal alanine:glyoxylate aminotransferase
要素Alanine glyoxylate transaminase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / alanine:glyoxylate aminotransferase / archaea (古細菌) / Thermococcus litoralis
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine-glyoxylate transaminase / alanine-glyoxylate transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
イミダゾール / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Alanine glyoxylate transaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus litoralis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sakuraba, H. / Yoneda, K. / Tsuge, H. / Ohshima, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structure of an archaeal alanine:glyoxylate aminotransferase
著者: Sakuraba, H. / Yoneda, K. / Takeuchi, K. / Tsuge, H. / Katunuma, N. / Ohshima, T.
履歴
登録2007年10月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Database references
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine glyoxylate transaminase
B: Alanine glyoxylate transaminase
C: Alanine glyoxylate transaminase
D: Alanine glyoxylate transaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,44116
ポリマ－180,9114
非ポリマー1,53112
水6,882382
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: Alanine glyoxylate transaminase
D: Alanine glyoxylate transaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2218
ポリマ－90,4552
非ポリマー7656
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8900 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area27540 Å2
手法PISA
3
A: Alanine glyoxylate transaminase
B: Alanine glyoxylate transaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2218
ポリマ－90,4552
非ポリマー7656
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8980 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area27170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.694, 112.519, 207.287
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Alanine glyoxylate transaminase / alanine:glyoxylate aminotransferase


分子量: 45227.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus litoralis (古細菌) / 株: DSM5473 / プラスミド: PUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109,B834 / 参照: UniProt: Q9C4M4, alanine-glyoxylate transaminase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O5P
#4: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール


分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Drops (2 micro l) of protein solution (15 mg/ml) containing 5mM L-Ala were mixed with an equal volume of 35-40% 1,4-butanediol, 0.1M zinc acetate, 0.1M imidazol/HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Drops (2 micro l) of protein solution (15 mg/ml) containing 5mM L-Ala were mixed with an equal volume of 35-40% 1,4-butanediol, 0.1M zinc acetate, 0.1M imidazol/HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL26B111
シンクロトロンSPring-8 BL26B120.9788, 0.9794, 0.9000
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU JUPITER 2101CCD2006年12月1日mirrors
RIGAKU JUPITER 2102CCD2006年12月1日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SISINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SIMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97881
30.97941
40.91
反射解像度: 2.3→49.4 Å / Num. all: 79989 / Num. obs: 79851 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 7066 / Rsym value: 0.294 / % possible all: 87.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→49.4 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 8007 -RANDOM
Rwork0.236 ---
all-79989 --
obs-79851 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12444 0 88 382 12914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å /
反射数%反射
obs7066 87.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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