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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z7z | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of H2O2 treated Cu,Zn-SOD | ||||||
要素 | Superoxide dismutase [Cu-Zn] | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / metalloprotein (金属タンパク質) / dismutase (ジスムターゼ) / hydrogen peroxide (過酸化水素) / Acetylation (アセチル化) / Antioxidant (抗酸化物質) / Copper (銅) / Cytoplasm (細胞質) / Metal-binding / Zinc (亜鉛) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neurofilament cytoskeleton organization / protein phosphatase 2B binding / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / regulation of protein kinase activity ...neurofilament cytoskeleton organization / protein phosphatase 2B binding / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / regulation of protein kinase activity / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / superoxide metabolic process / heart contraction / スーパーオキシドディスムターゼ / positive regulation of catalytic activity / transmission of nerve impulse / superoxide dismutase activity / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / ovarian follicle development / glutathione metabolic process / reactive oxygen species metabolic process / 着床 / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / : / locomotory behavior / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of cytokine production / sensory perception of sound / response to hydrogen peroxide / 血圧 / ペルオキシソーム / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / 精子形成 / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / copper ion binding / neuronal cell body / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ミトコンドリア / zinc ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Ito, S. / Ishii, T. / Uchida, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of H2O2-treated Cu,Zn-superoxide dismutase 著者: Ito, S. / Ishii, T. / Uchida, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2z7z.cif.gz | 74.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2z7z.ent.gz | 54.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2z7z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/2z7z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/2z7z | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15573.337 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: sigma-aldrich chemical company / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / Cell: erythrocyte 参照: UniProt: P00442, スーパーオキシドディスムターゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | REDOX STATE OF COPPER IONS OF OUR ENTRIES ARE AMBIGUOUS. ESPECIALLY, COPPER BOND OXIDANT, DESCRIBED ...REDOX STATE OF COPPER IONS OF OUR ENTRIES ARE AMBIGUOUS. ESPECIALLY | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.37 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 20% (w/v) PEG 4000, 20% (w/v) iso-propanol, 0.09M MES, 1mM EDTA, pH 6.4-6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→35.53 Å / Num. all: 30368 / Num. obs: 30156 / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1E9Q 解像度: 1.85→32.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1376097.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.0074 Å2 / ksol: 0.328922 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→32.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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