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- PDB-2yq0: KSHV LANA (ORF73) C-terminal domain, octameric ring: cubic crysta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yq0
タイトルKSHV LANA (ORF73) C-terminal domain, octameric ring: cubic crystal form
要素ORF 73
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / LATENCY-ASSOCIATED NUCLEAR ANTIGEN / LANA-1 / DNA-BINDING DOMAIN (DNA結合ドメイン) / ORIGIN-BINDING DOMAIN / OLIGOMERIZATION DOMAIN (オリゴマー) / KAPOSI'S SARCOMA-ASSOCIATED HERPESVIRUS / GAMMAHERPESVIRUS (ガンマヘルペスウイルス亜科) / RHADINOVIRUS / PRIMARY EFFUSION LYMPHOMA / MULTICENTRIC CASTLEMAN'S DISEASE / TUMOR VIRUS (腫瘍ウイルス) / CANCER (悪性腫瘍) / MURID HERPESVIRUS 4 / MUHV-4 / MURID HERPESVIRUS 68 / MHV-68
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Protein LANA1-like, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HUMAN HERPESVIRUS 8 TYPE M (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.911 Å
データ登録者Hellert, J. / Krausze, J. / Luhrs, T.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: A Structural Basis for Brd2/4-Mediated Host Chromatin Interaction and Oligomer Assembly of Kaposi Sarcoma-Associated Herpesvirus and Murine Gammaherpesvirus Lana Proteins.
著者: Hellert, J. / Weidner-Glunde, M. / Krausze, J. / Richter, U. / Adler, H. / Fedorov, R. / Pietrek, M. / Ruckert, J. / Ritter, C. / Schulz, T.F. / Luhrs, T.
履歴
登録2012年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Derived calculations / Other
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF 73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2662
ポリマ－18,1701
非ポリマー961
水0
1
A: ORF 73
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,12916
ポリマ－145,3608
非ポリマー7698
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation17_556x,z,-y+11
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation19_566-x,-z+1,-y+11
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation20_565x,-z+1,y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
Buried area15810 Å2
ΔGint-251 kcal/mol
Surface area44250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.400, 107.400, 107.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number207
Space group name H-MP432

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要素

#1: タンパク質 ORF 73 / KSHV LANA


分子量: 18170.047 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 996-1153 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN HERPESVIRUS 8 TYPE M (ヘルペスウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q76SB0
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 2.5
詳細: 1 UL OF 1 MM PROTEIN IN 5 MM BISTRIS, PH 6.5, 2 MM DTT WAS ADDED TO 1 UL OF 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 2.5, 1.5 M AMMONIUM SULFATE. THE MIXTURE WAS INCUBATED AT 4 DEGREE CENTIGRADE IN A HANGING ...詳細: 1 UL OF 1 MM PROTEIN IN 5 MM BISTRIS, PH 6.5, 2 MM DTT WAS ADDED TO 1 UL OF 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 2.5, 1.5 M AMMONIUM SULFATE. THE MIXTURE WAS INCUBATED AT 4 DEGREE CENTIGRADE IN A HANGING DROP SETUP. CRYSTALS GREW IN A FEW DAYS AND WERE CRYO-PROTECTED BY SHORT SOAKING IN 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 2.5, 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 25% (V/V) GLYCEROL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月5日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.91→50 Å / Num. obs: 2178 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 140.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 21.73
反射 シェル解像度: 3.91→4.01 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 3.92 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YPY

2ypy


解像度: 3.911→33.963 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 36.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3166 109 5 %
Rwork0.2595 --
obs0.2623 2178 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 198.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.911→33.963 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数946 0 5 0 951
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003980
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7461324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.361366
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054134
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003167
LS精密化 シェル解像度: 3.9113→33.9641 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3166 109 -
Rwork0.2595 2069 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0683-7.0726-7.11642.24282.85763.796-0.31680.15460.98490.6095-0.8652-4.86720.9520.80250.35432.3971-0.2906-0.34511.65660.49251.8599.595845.059117.1916
22.04880.8679-0.17482.0212-5.68692.1209-2.41062.10891.35411.1208-0.1514-2.63310.7010.79264.38851.9875-0.0845-0.12721.9720.3122.52415.634844.417134.2914
32.3309-0.3265-4.94092.9316-0.76562.77272.07150.4839-1.6661.7104-0.5104-1.0188-1.4051-1.6211-1.61342.1903-0.4958-0.15841.22710.03751.32290.852336.628223.8304
42.0045-5.0673-5.16941.86171.92311.9432-0.90432.4707-2.1892-4.8149-1.50031.11297.74262.98042.89862.96010.48460.08252.27030.03081.2885-13.755828.406627.2438
54.7844-3.3338-0.92942.73910.99786.1119-0.6445-0.88450.01430.382-0.00390.50340.5877-1.37880.60891.9136-0.2957-0.00621.02460.28581.4837-0.746944.685325.8393
62.0573-8.8696-4.11022.06680.87968.3456-0.31336.1045-1.62223.1533-0.1043-1.3259-1.6260.67191.06482.3765-0.5761-0.43722.3392-0.09611.93669.699336.153439.396
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1024 THROUGH 1046 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 1047 THROUGH 1055 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 1056 THROUGH 1089 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 1090 THROUGH 1099 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 1100 THROUGH 1138 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 1139 THROUGH 1146 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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