+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2yq1 | ||||||
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Title | MHV-68 LANA (ORF73) C-terminal domain: triclinic crystal form | ||||||
Components | ORF73 | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / MUHV-4 / MURID HERPESVIRUS 68 / LATENCY- ASSOCIATED NUCLEAR ANTIGEN / LANA-1 / MLANA / DNA-BINDING DOMAIN / ORIGIN-BINDING DOMAIN / OLIGOMERIZATION DOMAIN / KAPOSI'S SARCOMA-ASSOCIATED HERPESVIRUS / KSHV / GAMMAHERPESVIRUS / RHADINOVIRUS / PRIMARY EFFUSION LYMPHOMA / MULTICENTRIC CASTLEMAN'S DISEASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | MURID HERPESVIRUS 4 (Murine herpesvirus 68) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Hellert, J. / Krausze, J. / Luhrs, T. | ||||||
Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2013 Title: A Structural Basis for Brd2/4-Mediated Host Chromatin Interaction and Oligomer Assembly of Kaposi Sarcoma-Associated Herpesvirus and Murine Gammaherpesvirus Lana Proteins. Authors: Hellert, J. / Weidner-Glunde, M. / Krausze, J. / Richter, U. / Adler, H. / Fedorov, R. / Pietrek, M. / Ruckert, J. / Ritter, C. / Schulz, T.F. / Luhrs, T. | ||||||
History |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2yq1.cif.gz | 219.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2yq1.ent.gz | 180.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2yq1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/2yq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/2yq1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 15968.619 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 124-260 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) MURID HERPESVIRUS 4 (Murine herpesvirus 68) Strain: 68 / Plasmid: PET BASED / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: O41974 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.9 Å3/Da / Density % sol: 35.37 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 1.5 UL OF 0.3 MM PROTEIN IN 5 MM BISTRIS, PH 6.5, 5 MM DTT WERE ADDED TO 1.5 UL OF 2.0 M SODIUM FORMATE, 15% (W/V) PEG 6000. THE MIXTURE WAS INCUBATED AT 20 DEGREE CENTIGRADE IN A HANGING ...Details: 1.5 UL OF 0.3 MM PROTEIN IN 5 MM BISTRIS, PH 6.5, 5 MM DTT WERE ADDED TO 1.5 UL OF 2.0 M SODIUM FORMATE, 15% (W/V) PEG 6000. THE MIXTURE WAS INCUBATED AT 20 DEGREE CENTIGRADE IN A HANGING DROP SETUP. CRYSTALS GREW IN A FEW DAYS AND WERE CRYO-PROTECTED BY SHORT SOAKING IN 2.0 M SODIUM FORMATE, 15% (W/V) PEG 6000, 25% (V/V) GLYCEROL. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.91841 |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Jul 5, 2012 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.14→50 Å / Num. obs: 24125 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 2.03 % / Biso Wilson estimate: 21.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.14→2.27 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / % possible all: 80.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3→24.062 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.99 / Phase error: 24.99 / Stereochemistry target values: ML Details: DATA UP TO 2.3 A RESOLUTION WERE INCLUDED FOR REFINEMENT.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.709 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.3 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→24.062 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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