+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2xq2 | ||||||
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Title | Structure of the K294A mutant of vSGLT | ||||||
Components | (SODIUM/GLUCOSE COTRANSPORTER) x 2 | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / INVERTED REPEATS / LEUT-FOLD / GALACTOSE / TRANSPORTER | ||||||
Function / homology | Function and homology information symporter activity / sodium ion transport / carbohydrate transport / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | VIBRIO PARAHAEMOLYTICUS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.73 Å | ||||||
Authors | Watanabe, A. / Choe, S. / Chaptal, V. / Rosenberg, J.M. / Wright, E.M. / Grabe, M. / Abramson, J. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2010 Title: The Mechanism of Sodium and Substrate Release from the Binding Pocket of Vsglt Authors: Watanabe, A. / Choe, S. / Chaptal, V. / Rosenberg, J.M. / Wright, E.M. / Grabe, M. / Abramson, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2xq2.cif.gz | 420.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2xq2.ent.gz | 350.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2xq2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/2xq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/2xq2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3dh4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.949, -0.30143, -0.09237), Vector: |
-Components
#1: Protein | Mass: 64142.344 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) VIBRIO PARAHAEMOLYTICUS (bacteria) / Plasmid: PBAD18 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): TOP10 / References: UniProt: P96169 | ||||||
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#2: Protein | Mass: 62859.148 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) VIBRIO PARAHAEMOLYTICUS (bacteria) / Plasmid: PBAD18 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): TOP10 / References: UniProt: P96169 | ||||||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Compound details | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 294 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 411 TO ALA ...ENGINEERED | Sequence details | K294A IS AN ENGINEERED MUTATION. C411A AND A423C HAVE ALSO BEEN INTRODUCED TO GIVE HIGHER ...K294A IS AN ENGINEERED | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 4 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.3 Å3/Da / Density % sol: 71.4 % Description: 5 DATASETS WERE COLLECTED ON 4 CRYSTALS AND MERGED |
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Crystal grow | pH: 6.5 / Details: 0.1M MES PH 6.5, 4% MPD, 9-13% PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Aug 30, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→68 Å / Num. obs: 62421 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 65.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 94.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3DH4 Resolution: 2.73→68.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8345 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8639 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 Details: THE ELECTRON DENSITY QUALITY WAS BETTER FOR CHAIN A. CHAIN B WAS BUILT LARGELY WITH CHAIN A AS A MODEL.
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Displacement parameters | Biso mean: 112.01 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.604 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.73→68.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.73→2.8 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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