PDB-2w5f: High resolution crystallographic structure of the Clostridium the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2w5f

タイトル

High resolution crystallographic structure of the Clostridium thermocellum N-terminal endo-1,4-beta-D-xylanase 10B (Xyn10B) CBM22-1- GH10 modules complexed with xylohexaose

要素

ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

CELLULOSOME / GLYCOSIDASE / XYLAN DEGRADATION

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulosome /

endo-1,4-beta-xylanase activity /

キシラナーゼ / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Najmudin, S. / Pinheiro, B.A. / Romao, M.J. / Prates, J.A.M. / Fontes, C.M.G.A.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Putting an N-Terminal End to the Clostridium Thermocellum Xylanase Xyn10B Story: Crystal Structure of the Cbm22-1-Gh10 Modules Complexed with Xylohexaose.
著者: Najmudin, S. / Pinheiro, B.A. / Prates, J.A.M. / Gilbert, H.J. / Romao, M.J. / Fontes, C.M.G.A.

履歴

登録	2008年12月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年1月18日	Group: Other
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_sheet Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_sheet.number_strands

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2w5f.cif.gz	255 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2w5f.ent.gz	203.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2w5f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/2w5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/2w5f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wysC 2wzeC 1dyo 1gkk 1gkl 1h6x 1h6y 1ohz 1wb4 1wb5 1wb6 2ccl C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wys-2 2wys-1 1rkm-d 2wze-1 3e3k-2 4wnq-1 5y4r-1 4wpu-d 6i4j-d 2wze-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y

B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y

ヘテロ分子

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	173.178, 173.178, 131.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2404- HOH
2	1	B-2819- HOH

#1: タンパク質

ENDO-1,4-BETA-XYLANASE Y / 1\ / 4-BETA-D-XYLAN XYLANOHYDROLASE Y / ENDO-1\ / 4-BETA-D-XYLANASE 10B / XYLANASE Y / XYLY

分子量: 60082.301 Da / 分子数: 2 / 断片: CBM22-1, RESIDUES 32-551 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 2 XYLOHEXAOSES (BUT ONLY 3 OF THE 6 XYLOSE RINGS CAN BE SEEN IN THE ELECTRON DENSITY), 9 ACETATES, 13 CADMIUM IONS
由来: (組換発現)

CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
株: YS / プラスミド: PGEM T-EASY, PET21A / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL10-GOLD, BL21(DE3) / 参照: UniProt: P51584,

キシラナーゼ

#2: 多糖

beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose / 4beta-beta-xylotriose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖, Oligosaccharide

オリゴ糖
クラス: 代謝

代謝 / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylotriose

記述子	タイプ	プログラム
DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a212h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン /

酢酸塩

分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂

#4: 化合物

ChemComp-CD / CADMIUM ION

分子量: 112.411 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

構成要素の詳細

ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 337 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 337 TO ALA

非ポリマーの詳細

CELLOHEXAOSE (XYP): WE ONLY SEE THREE OF THE SIX XYLOSE UNITS FOR EACH OF THE XYLOHEXAOSES IN THE ...

配列の詳細

THE PROTEIN SEQUENCE OF THE CONSTRUCT CORRESPONDS TO AMINO ACID RESIDUES 32 TO 551 WITH THE E337A ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.07 % 解説: THE PDB COORDINATES FOR 2W5F WERE SUBMITTED TO CAPRI. THE RESULTS OF THE LAST CAPRI ROUND ARE NOW AVAILABLE AT HTTP://WWW.EBI.AC.UK/MSD-SRV/CAPRI/ROUND15/ROUND15.HTML AS T35 AND T36 (WITH BOUND CBM22).
結晶化	温度: 292 K / pH: 7.5 詳細: 1 M NA ACETATE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.05 M CDSO4, 10 MM XYLOHEXAOSE AT 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→65.8 Å / Num. obs: 176859 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 19.2 % / B_iso Wilson estimate: 30.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 1.9→2.11 Å / 冗長度: 10.5 % / R_merge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELX		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→150.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 5.404 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES A181-A190 AND B182-B189 ARE DISORDERED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.194	8837	5 %	RANDOM
R_work	0.164	-	-	-
obs	0.166	167526	98.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.32 Å²	-0.16 Å²	0 Å²
2-	-	-0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→150.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8040	0	105	1598	9743

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	8390
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.318	1.931	11406
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.658	5	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.79	25.29	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.364	15	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.215	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6540
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	4412
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	5855
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.236	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.2	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.616	1.5	5250
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.035	2	8258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.785	3	3614
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.797	4.5	3135
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.381	626
R_work	0.347	10987

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8165	0.1914	0.679	3.9766	-0.3647	2.2417	-0.0487	-0.2998	-0.0079	0.3479	0.0876	0.0086	-0.2997	-0.1017	-0.0389	0.1864	0.0766	-0.0248	0.1087	0.0323	0.0617	111.7258	63.0731	20.7027
2	3.7985	-1.5904	1.3594	3.5265	-1.3928	4.3842	-0.0947	-0.5879	-0.3054	0.5443	0.3015	0.2136	-0.3029	-0.2869	-0.2068	0.1751	0.1026	0.0569	0.1659	0.1069	0.0837	103.8901	60.8315	28.4759
3	2.2937	-0.6285	0.2423	1.7858	-0.5184	1.6666	0.0665	0.2663	-0.2055	-0.1453	-0.2658	-0.061	-0.0642	0.2037	0.1993	0.0426	0.0142	-0.0085	0.1747	0.0714	0.1113	133.0486	45.3108	14.5445
4	2.3691	0.0226	0.1238	3.3841	-1.5344	2.8647	-0.0584	-0.3317	-0.1663	0.4306	-0.3992	-0.4916	-0.3574	0.5615	0.4577	0.073	-0.1031	-0.119	0.2204	0.1841	0.1599	143.3102	45.8677	32.3176
5	22.9713	6.3532	5.1198	8.7839	-4.6658	6.4051	-0.2657	-0.8769	0.9593	0.2351	-0.3301	-0.4327	-0.9087	0.2656	0.5958	0.2883	-0.1956	-0.1689	0.2408	-0.0364	0.2182	145.5089	64.6585	29.3362
6	2.7532	-0.3997	-1.0255	1.8529	-0.294	2.7351	0.032	0.4526	0.0626	-0.1708	0.1031	0.0554	0.0541	-0.4122	-0.1351	0.1118	-0.1059	0.0325	0.343	-0.0166	0.1412	95.0459	23.4087	38.4236
7	4.662	0.165	-2.7592	2.2967	0.2819	5.7625	0.1893	0.8403	0.2791	-0.3446	0.0389	-0.119	-0.1534	-0.5414	-0.2282	-0.0079	-0.0261	0.0245	0.3123	0.1121	0.0207	93.9695	30.2251	31.3763
8	1.8331	-0.1238	-0.148	0.9597	0.3722	1.3978	0.0555	0.002	0.0392	0.0798	-0.1177	0.0181	0.1229	-0.2281	0.0622	0.0881	-0.061	0.0159	0.0777	0.011	0.1034	120.3601	24.2267	46.5125
9	1.5944	-0.045	-0.1083	1.213	0.1994	1.7232	0.0131	0.1246	-0.1809	0.0692	-0.042	-0.202	0.2733	0.0937	0.0289	0.0774	-0.001	-0.0136	0.0482	0.0091	0.1486	135.9959	16.8966	38.7563
10	2.9493	-0.7485	-0.8847	3.495	0.418	2.9341	0.0372	0.3164	-0.2734	-0.1916	-0.1603	0.0633	0.3771	-0.2486	0.1231	0.0708	-0.0388	-0.0212	0.1325	-0.1278	0.058	126.4749	8.3093	25.6746

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	32 - 85
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	86 - 180
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	190 - 460
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	461 - 540
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	541 - 551
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	32 - 111
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	112 - 180
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	189 - 391
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	392 - 519
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	520 - 551

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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