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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5y4r | ||||||
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Title | Structure of a methyltransferase complex | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE/PROTEIN BINDING / ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yan, X. / Xin, L. / Tan, Y.J. / Jin, S. / Liang, Z.X. / Gao, Y.G. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural analyses unravel the molecular mechanism of cyclic di-GMP regulation of bacterial chemotaxis via a PilZ adaptor protein. Authors: Yan, X.F. / Xin, L. / Yen, J.T. / Zeng, Y. / Jin, S. / Cheang, Q.W. / Fong, R.A.C.Y. / Chiam, K.H. / Liang, Z.X. / Gao, Y.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 341.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 278.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5y4sC ![]() 5ftwS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 33023.848 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: PAO1 / Gene: cheR1, PA3348 / Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O87131, ![]() #2: Protein | Mass: 16932.779 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: PAO1 / Gene: PA4608 / Production host: ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() #4: Chemical | ChemComp-C2E / ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.27 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Bis-Tris, PEG 3350, lithium salfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 25, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.298→50 Å / Num. obs: 43900 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.75 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.64 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.44 Å / Redundancy: 6.91 % / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / Num. unique obs: 6939 / CC1/2: 0.568 / % possible all: 99 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5FTW Resolution: 2.298→48.285 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 26.04 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.298→48.285 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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