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- PDB-2vrd: THE STRUCTURE OF THE ZINC FINGER FROM THE HUMAN SPLICEOSOMAL PROT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vrd
タイトルTHE STRUCTURE OF THE ZINC FINGER FROM THE HUMAN SPLICEOSOMAL PROTEIN U1C
要素U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN C
キーワードNUCLEAR PROTEIN / RNA-BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / RIKEN STRUCTURAL GENOMICS/PROTEOMICS INITIATIVE / SPLICEOSOMAL PROTEIN (スプライセオソーム) / PHOSPHOPROTEIN / RIBONUCLEOPROTEIN (核タンパク質) / ZINC-FINGER (ジンクフィンガー) / ZINC FINGER (ジンクフィンガー) / METAL-BINDING / ZINC (亜鉛) / RSGI / NUCLEUS (細胞核) / U1 SNRNP / RNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


commitment complex / U1 snRNP / pre-mRNA 5'-splice site binding / U2-type prespliceosome / mRNA 5'-splice site recognition / カハール体 / spliceosomal snRNP assembly / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome ...commitment complex / U1 snRNP / pre-mRNA 5'-splice site binding / U2-type prespliceosome / mRNA 5'-splice site recognition / カハール体 / spliceosomal snRNP assembly / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / single-stranded RNA binding / mRNA binding / protein homodimerization activity / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Classic Zinc Finger / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Double Stranded RNA Binding Domain / Zinc finger C2H2 superfamily ...U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Classic Zinc Finger / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Double Stranded RNA Binding Domain / Zinc finger C2H2 superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
U1 small nuclear ribonucleoprotein C
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Muto, Y. / Pomeranz-Krummel, D. / Oubridge, C. / Hernandez, H. / Robinson, C. / Neuhaus, D. / Nagai, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The Structure and Biochemical Properties of the Human Spliceosomal Protein U1C
著者: Muto, Y. / Pomeranz-Krummel, D. / Oubridge, C. / Hernandez, H. / Robinson, C. / Neuhaus, D. / Nagai, K.
履歴
登録2008年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2008年4月8日ID: 1UW2
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3452
ポリマ－7,2791
非ポリマー651
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)47 / 50LOW RESTRAINT VIOLATIONS
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN C / U1 SNRNP PROTEIN C / U1C PROTEIN / U1-C


分子量: 7279.186 Da / 分子数: 1 / 断片: ZINC FINGER DOMAIN, RESIDUES 1-61 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET3B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P09234
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TOCSY
121NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR NMR SPECTROSCOPY ON UNLABELLED U1C ZINC FINGER DOMAIN

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試料調製

詳細内容: 90%WATER/10%D2O AND 100% D2O
試料状態pH: 6.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
XwinNMR構造決定
Sparky構造決定
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOW RESTRAINT VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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