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万見
- PDB-2vl9: Oxidized form of human peroxiredoxin 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vl9
タイトルOxidized form of human peroxiredoxin 5
要素PEROXIREDOXIN-5ペルオキシレドキシン
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / THIOREDOXIN PEROXIDASE / ALTERNATIVE INITIATION / ANTIOXIDANT ENZYME / REDOX-ACTIVE CENTER / CYTOPLASM (細胞質) / PEROXIDASE (ペルオキシダーゼ) / PEROXISOME (ペルオキシソーム) / ANTIOXIDANT (抗酸化物質) / POLYMORPHISM / MITOCHONDRION (ミトコンドリア) / PEROXIREDOXIN (ペルオキシレドキシン) / TRANSIT PEPTIDE / THIOREDOXIN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxynitrite reductase activity / reactive nitrogen species metabolic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase III / negative regulation of oxidoreductase activity / NADPH oxidation / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species ...peroxynitrite reductase activity / reactive nitrogen species metabolic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase III / negative regulation of oxidoreductase activity / NADPH oxidation / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / antioxidant activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / peroxisomal matrix / positive regulation of collagen biosynthetic process / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / peroxidase activity / cellular response to reactive oxygen species / ペルオキシソーム / cellular response to oxidative stress / cytoplasmic vesicle / response to oxidative stress / ミトコンドリアマトリックス / 炎症 / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / ミトコンドリア / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin-5-like / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxiredoxin-5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Smeets, A. / Declercq, J.P.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2008
タイトル: The Crystal Structures of Oxidized Forms of Human Peroxiredoxin 5 with an Intramolecular Disulfide Bond Confirm the Proposed Enzymatic Mechanism for Atypical 2-Cys Peroxiredoxins.
著者: Smeets, A. / Marchand, C. / Linard, D. / Knoops, B. / Declercq, J.P.
履歴
登録2008年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年10月24日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEROXIREDOXIN-5
B: PEROXIREDOXIN-5
C: PEROXIREDOXIN-5
D: PEROXIREDOXIN-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2364
ポリマ－73,2364
非ポリマー00
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-38.6 kcal/mol
Surface area34250 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)75.870, 75.870, 193.254
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
PEROXIREDOXIN-5 / ペルオキシレドキシン / PRX-V / PEROXISOMAL ANTIOXIDANT ENZYME / PLP / THIOREDOXIN REDUCTASE / THIOREDOXIN PEROXIDASE PMP20 ...PRX-V / PEROXISOMAL ANTIOXIDANT ENZYME / PLP / THIOREDOXIN REDUCTASE / THIOREDOXIN PEROXIDASE PMP20 / ANTIOXIDANT ENZYME B166 / AOEB166 / TPX TYPE VI / LIVER TISSUE 2D-PAGE SPOT 71B / ALU COREPRESSOR 1 / HUMAN PEROXIREDOXIN 5


分子量: 18308.979 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 2-162 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: LUNG肺 / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: P30044, ペルオキシレドキシン
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 73 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 73 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 73 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 73 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 73 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 73 TO SER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.53 %
解説: THE MODEL USED FOR THE MOLECULAR REPLACEMENT WAS A SIMULATION CREATED FROM PDB ENTRY 1OC3
結晶化pH: 6.5
詳細: PEG 8000 20% SODIUM CACODYLATE 0.1 M PH 6.5 SODIUM ACETATE 0.1 M 6-AMINOCAPROIC ACID 3% W/V

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979764
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月11日 / 詳細: TWO MIRRORS ARE USED FOR VERTICAL FOCUSSING
放射モノクロメーター: FIRST CRYSTAL FLAT AND N2 COOLED. SECOND ONE SAGITALLY BENT
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979764 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -K,H+K,L / Fraction: 0.479
反射解像度: 2.7→46 Å / Num. obs: 18076 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.05 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 4.05 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OC3

1oc3


解像度: 2.7→46 Å / 位相誤差: 24.5 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: TWIN RATIO IS 50%. COMPUTED STRUCTURE FACTORS ARE NOT DIRECTLY COMPARABLE TO THE DEPOSITED OBSERVED STRUCTURE FACTORS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 923 5.1 %
Rwork0.1836 --
obs0.1863 18076 98.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 170.46 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 79.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.4257 Å2-0 Å20 Å2
2---6.4257 Å2-0 Å2
3---12.6603 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4760 0 0 57 4817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064836
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6366539
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5691766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.104760
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007853

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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