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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v85 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me1K4me3 peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / V(D)J RECOMBINATION (V(D)J遺伝子再構成) / COVALENT MODIFICATIONS / RAG2 / HISTONE (ヒストン) / NUCLEUS (細胞核) / NUCLEASE (ヌクレアーゼ) / HYDROLASE (加水分解酵素) / PHD FINGER / DNA-BINDING / RECOMBINASE / ENDONUCLEASE (エンドヌクレアーゼ) / TRIMETHYL LYSINE / DNA RECOMBINATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mature B cell differentiation involved in immune response / DNA recombinase complex / B cell homeostatic proliferation / DN2 thymocyte differentiation / negative regulation of T cell differentiation in thymus / pre-B cell allelic exclusion / positive regulation of organ growth / V(D)J遺伝子再構成 / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding ...mature B cell differentiation involved in immune response / DNA recombinase complex / B cell homeostatic proliferation / DN2 thymocyte differentiation / negative regulation of T cell differentiation in thymus / pre-B cell allelic exclusion / positive regulation of organ growth / V(D)J遺伝子再構成 / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / organ growth / T cell lineage commitment / B cell lineage commitment / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / T cell differentiation / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / methylated histone binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / phosphatidylinositol binding / B cell differentiation / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / ubiquitin protein ligase activity / ヌクレオソーム / nucleosome assembly / T cell differentiation in thymus / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / 遺伝子発現 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / DNA recombination / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / defense response to bacterium / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / chromatin binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Ramon-Maiques, S. / Yang, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007 タイトル: The Plant Homeodomain Finger of Rag2 Recognizes Histone H3 Methylated at Both Lysine-4 and Arginine-2. 著者: Ramon-Maiques, S. / Kuo, A.J. / Carney, D. / Matthews, A.G.W. / Oettinger, M.A. / Gozani, O. / Yang, W. #1: ジャーナル: Nature / 年: 2007 タイトル: Rag2 Phd Finger Couples Histone H3 Lysine 4 Trimethylation with V(D)J Recombination. 著者: Matthews, A.G.W. / Kuo, A.J. / Ramon-Maiques, S. / Han, S. / Champagne, K.S. / Ivanov, D. / Gallardo, M. / Carney, D. / Cheung, P. / Ciccone, D.N. / Walter, K.L. / Utz, P.J. / Shi, Y. / ...著者: Matthews, A.G.W. / Kuo, A.J. / Ramon-Maiques, S. / Han, S. / Champagne, K.S. / Ivanov, D. / Gallardo, M. / Carney, D. / Cheung, P. / Ciccone, D.N. / Walter, K.L. / Utz, P.J. / Shi, Y. / Kutateladze, T.G. / Yang, W. / Gozani, O. / Oettinger, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2v85.cif.gz | 55.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2v85.ent.gz | 38.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2v85.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/2v85 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/2v85 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9360.498 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 414-487 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21784 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1317.561 Da / 分子数: 2 / 断片: H3 (1-21), BIOTINILATED AT C-TERMINUS / 由来タイプ: 合成 / 詳細: R2 MONOMETHYLATED AND K4 TRIMETHYLATED / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q5TEC6, UniProt: P68431*PLUS #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | N-TERMINAL SEGMENT GPLGSPEFG ARE CARRIED OVER FROM THE EXPRESSION | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 20% PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97182 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97182 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 13424 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 89.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2V83 解像度: 2→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.0077 / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.575 Å2 / ksol: 0.392243 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.85 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.202 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 13
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