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Yorodumi- PDB-5dzo: Crystal structure of human T-cell immunoglobulin and mucin domain... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dzo | ||||||
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Title | Crystal structure of human T-cell immunoglobulin and mucin domain protein 1 | ||||||
Components | Hepatitis A virus cellular receptor 1 | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / receptor / Ig V domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of mast cell activation / motile cilium / phagocytosis, engulfment / phosphatidylserine binding / virus receptor activity / Attachment and Entry / cell surface / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.301 Å | ||||||
Authors | Yuan, S. / Rao, Z. / Wang, X. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Protein Cell / Year: 2015 Title: TIM-1 acts a dual-attachment receptor for Ebolavirus by interacting directly with viral GP and the PS on the viral envelope. Authors: Yuan, S. / Cao, L. / Ling, H. / Dang, M. / Sun, Y. / Zhang, X. / Chen, Y. / Zhang, L. / Su, D. / Wang, X. / Rao, Z. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5dzo.cif.gz | 56.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5dzo.ent.gz | 44.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5dzo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/5dzo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/5dzo | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 11846.519 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 22-127 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HAVCR1, KIM1, TIM1, TIMD1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q96D42 | ||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 1.5 M sodium nitrate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 8, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.3→50 Å / Num. obs: 27042 / % possible obs: 97.4 % / Redundancy: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.017 / Net I/av σ(I): 34.178 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 328083 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.301→33.004 Å / SU ML: 0.07 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / Phase error: 15.77 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.301→33.004 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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