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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ru3 | ||||||
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タイトル | Solution structure of c.elegans SUP-12 RRM in complex with RNA | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / solution structure / Protein-RNA Complex / RRM (RNA recognition motif) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alternative mRNA splicing, via spliceosome / pre-mRNA binding / regulation of locomotion / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / pre-mRNA intronic binding / regulation of actin cytoskeleton organization / single-stranded RNA binding / nuclear speck / ribonucleoprotein complex 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | fewest violations, model1 | ||||||
データ登録者 | Takahashi, M. / Kuwasako, K. / Unzai, S. / Tsuda, K. / Yoshikawa, S. / He, F. / Kobayashi, N. / Guntert, P. / Shirouzu, M. / Ito, T. ...Takahashi, M. / Kuwasako, K. / Unzai, S. / Tsuda, K. / Yoshikawa, S. / He, F. / Kobayashi, N. / Guntert, P. / Shirouzu, M. / Ito, T. / Tanaka, A. / Yokoyama, S. / Hagiwara, M. / Kuroyanagi, H. / Muto, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014 タイトル: RBFOX and SUP-12 sandwich a G base to cooperatively regulate tissue-specific splicing 著者: Kuwasako, K. / Takahashi, M. / Unzai, S. / Tsuda, K. / Yoshikawa, S. / He, F. / Kobayashi, N. / Guntert, P. / Shirouzu, M. / Ito, T. / Tanaka, A. / Yokoyama, S. / Hagiwara, M. / Kuroyanagi, H. / Muto, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ru3.cif.gz | 697.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ru3.ent.gz | 579.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ru3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/2ru3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/2ru3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11426.773 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA recognition motif (RRM), UNP residues 20-121 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: sup-12, CELE_T22B2.4, T22B2.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O45189 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 1908.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SUP-12-1, 0.72 mM RNA-2, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.1 / pH: 5-7 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software | 名称: Amber / バージョン: 9 開発者: Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 |
代表構造 | 選択基準: fewest violations |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1 |