+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2r2l | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Farnesyl Protein Transferase bound to PB-93 | ||||||
要素 | (Farnesyltransferase subunit ...) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Malaria (マラリア) / FPT / Metal-binding / Phosphorylation (リン酸化) / Prenyltransferase (プレニル基転移酵素) / Zinc (亜鉛) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein geranylgeranyltransferase type I / protein farnesylation / positive regulation of tubulin deacetylation ...skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein geranylgeranyltransferase type I / protein farnesylation / positive regulation of tubulin deacetylation / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / regulation of fibroblast proliferation / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / farnesyltranstransferase activity / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / microtubule associated complex / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / alpha-tubulin binding / response to inorganic substance / positive regulation of cell cycle / response to cytokine / wound healing / lipid metabolic process / response to organic cyclic compound / receptor tyrosine kinase binding / positive regulation of fibroblast proliferation / fibroblast proliferation / microtubule binding / cell population proliferation / molecular adaptor activity / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.23 Å | ||||||
データ登録者 | Strickland, C.O. / Voorhis, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2007 タイトル: Efficacy, pharmacokinetics, and metabolism of tetrahydroquinoline inhibitors of Plasmodium falciparum protein farnesyltransferase. 著者: Van Voorhis, W.C. / Rivas, K.L. / Bendale, P. / Nallan, L. / Horney, C. / Barrett, L.K. / Bauer, K.D. / Smart, B.P. / Ankala, S. / Hucke, O. / Verlinde, C.L. / Chakrabarti, D. / Strickland, C. ...著者: Van Voorhis, W.C. / Rivas, K.L. / Bendale, P. / Nallan, L. / Horney, C. / Barrett, L.K. / Bauer, K.D. / Smart, B.P. / Ankala, S. / Hucke, O. / Verlinde, C.L. / Chakrabarti, D. / Strickland, C. / Yokoyama, K. / Buckner, F.S. / Hamilton, A.D. / Williams, D.K. / Lombardo, L.J. / Floyd, D. / Gelb, M.H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2r2l.cif.gz | 172.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2r2l.ent.gz | 133.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2r2l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/2r2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/2r2l | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-Farnesyltransferase subunit ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 37916.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fnta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5RKJ4, UniProt: Q04631*PLUS |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 44879.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fntb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02293, protein farnesyltransferase |
-非ポリマー , 4種, 537分子
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
---|---|
#4: 化合物 | ChemComp-FPP / |
#5: 化合物 | ChemComp-PB9 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.36 % |
---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Max Flux |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.23→20 Å / Num. all: 56752 / Num. obs: 56633 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 41.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.23→2.27 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 2780 / Rsym value: 0.308 / Χ2: 1 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.23→20 Å / FOM work R set: 0.856
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.366 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.23→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|