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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qos | ||||||
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タイトル | Crystal structure of complement protein C8 in complex with a peptide containing the C8 binding site on C8 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Beta barrel (Βバレル) / lipocalin / Cleavage on pair of basic residues / Complement alternate pathway / Complement pathway / Cytolysis / EGF-like domain (EGF様ドメイン) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Immune response (免疫応答) / Innate immunity (自然免疫系) / Membrane attack complex (膜侵襲複合体) / Polymorphism / Secreted (分泌) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / complement activation, alternative pathway / 補体 / retinol binding / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / killing of cells of another organism ...Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / complement activation, alternative pathway / 補体 / retinol binding / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / killing of cells of another organism / blood microparticle / 免疫応答 / protein-containing complex binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.81 Å | ||||||
データ登録者 | Lovelace, L.L. / Chiswell, B. / Slade, D.J. / Sodetz, J.M. / Lebioda, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2008 タイトル: Crystal structure of complement protein C8gamma in complex with a peptide containing the C8gamma binding site on C8alpha: Implications for C8gamma ligand binding. 著者: Lovelace, L.L. / Chiswell, B. / Slade, D.J. / Sodetz, J.M. / Lebioda, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qos.cif.gz | 53 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qos.ent.gz | 36.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qos.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/2qos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/2qos | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2oveS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19171.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C8G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14CU0, UniProt: P07360*PLUS |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1388.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence has been modified from the human / 参照: UniProt: P07357 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.21 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 26-28% PEG6K, 0.1M Tris pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97531 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97531 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→50 Å / Num. all: 20571 / Num. obs: 19234 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 5.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.051 / Χ2: 1.678 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.87 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 1454 / Χ2: 1.15 / % possible all: 73.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: 2OVE 解像度: 1.81→37.6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 64.701 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.107 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.81→37.6 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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