+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2ova | ||||||
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Title | X-ray structure of Human Complement Protein C8gamma Y83W Mutant | ||||||
Components | Complement component 8, gamma polypeptide | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / LIGAND BINDING PROTEIN / lipocalin / beta barrel | ||||||
Function / homology | Function and homology information Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / complement activation, alternative pathway / retinol binding / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / killing of cells of another organism / blood microparticle ...Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement binding / complement activation, alternative pathway / retinol binding / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / killing of cells of another organism / blood microparticle / protein-containing complex binding / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Chiswell, B. / Lovelace, L.L. / Brannen, C. / Ortlund, E.A. / Lebioda, L. / Sodetz, J.M. | ||||||
Citation | Journal: Biochim.Biophys.Acta / Year: 2007 Title: Structural features of the ligand binding site on human complement protein C8gamma: A member of the lipocalin family Authors: Chiswell, B. / Lovelace, L.L. / Brannen, C. / Ortlund, E.A. / Lebioda, L. / Sodetz, J.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2ova.cif.gz | 47 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2ova.ent.gz | 34.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2ova.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/2ova ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/2ova | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20343.039 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: Y83W Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: C8G / Plasmid: pET-17b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Origami B(DE3) / References: UniProt: Q14CU0, UniProt: P07360*PLUS |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4 Details: 0.1 M sodium citrate and 24-26% PEG 4000, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.96972 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 14, 2004 |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.96972 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.3→500 Å / Num. all: 44885 / Num. obs: 42289 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 2.626 / Net I/σ(I): 26.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.3→1.35 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3313 / Χ2: 1.796 / % possible all: 75.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.5→500 Å / FOM work R set: 0.873 / σ(F): 0
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Solvent computation | Bsol: 66.105 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.871 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→500 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50
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Xplor file |
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