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- PDB-2pzd: Crystal Structure of the HtrA2/Omi PDZ Domain Bound to a Phage-De... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pzd
タイトルCrystal Structure of the HtrA2/Omi PDZ Domain Bound to a Phage-Derived Ligand (WTMFWV)
要素Serine protease HTRA2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / PDZ domain (PDZドメイン) / serine protease (セリンプロテアーゼ) / apoptosis (アポトーシス) / mitochondria (ミトコンドリア) / peptide-binding module
機能・相同性
機能・相同性情報


HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / negative regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / mitochondrial protein catabolic process / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / ceramide metabolic process / regulation of autophagy of mitochondrion / CD40 receptor complex / : / プログラム細胞死 ...HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / negative regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / mitochondrial protein catabolic process / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / ceramide metabolic process / regulation of autophagy of mitochondrion / CD40 receptor complex / : / プログラム細胞死 / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / serine-type endopeptidase complex / adult walking behavior / response to herbicide / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / execution phase of apoptosis / positive regulation of execution phase of apoptosis / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / protein autoprocessing / negative regulation of cell cycle / regulation of multicellular organism growth / Mitochondrial protein degradation / neuron development / cellular response to interferon-beta / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / forebrain development / serine-type peptidase activity / ミトコンドリア / protein catabolic process / ミトコンドリア / cytoplasmic side of plasma membrane / cellular response to growth factor stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / unfolded protein binding / cellular response to heat / cellular response to oxidative stress / peptidase activity / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / 細胞骨格 / positive regulation of apoptotic process / serine-type endopeptidase activity / クロマチン / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / ミトコンドリア / タンパク質分解 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
PDZ domain 6 / PDZドメイン / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZドメイン / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily ...PDZ domain 6 / PDZドメイン / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZドメイン / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Roll / Peptidase S1, PA clan / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease HTRA2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Appleton, B.A. / Wiesmann, C.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Structural and functional analysis of the ligand specificity of the HtrA2/Omi PDZ domain.
著者: Zhang, Y. / Appleton, B.A. / Wu, P. / Wiesmann, C. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2007年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 999SEQUENCE The peptide ligand was fused to the C-terminus of the linker

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease HTRA2
B: Serine protease HTRA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3114
ポリマ－25,1872
非ポリマー1242
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area11770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.105, 90.105, 83.516
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGTHRTHRAA359 - 3685 - 14
21ARGARGTHRTHRBB359 - 3685 - 14
32GLYGLYTHRTHRAA390 - 45736 - 103
42GLYGLYTHRTHRBB390 - 45736 - 103
53GLYGLYVALVALAA461 - 467107 - 113
63GLYGLYVALVALBB461 - 467107 - 113

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要素

#1: タンパク質 Serine protease HTRA2 / High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine ...High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine proteinase OMI / Serine protease 25


分子量: 12593.536 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTRA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43464, HtrA2 peptidase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.43 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium citrate, 1.0 M monoammonium dihydrogen phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.975 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 9406 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.071 / Χ2: 1.077 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 901 / Rsym value: 0.594 / Χ2: 1.036 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LCY

1lcy


解像度: 2.75→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 11.77 / SU ML: 0.228 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.521 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 453 4.8 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.21 8898 99.98 %-
all-8900 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.281 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å20 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1678 0 8 9 1695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211716
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2181.962326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76833782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3865208
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2210.21800
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21134
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0870.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1720.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0120.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2792.51054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.78851712
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5182.5662
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9775614
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
497TIGHT POSITIONAL0.030.05
838LOOSE POSITIONAL0.935
497TIGHT THERMAL0.080.5
838LOOSE THERMAL2.0610
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.807 Å / Total num. of bins used: 25 /
Rfactor反射数
Rfree0.378 26
Rwork0.327 501
obs-527
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.47813.64420.7185.00860.22753.5831-0.57090.7822-0.0728-0.86770.62410.00580.28240.3537-0.05320.27680.0069-0.0770.0863-0.05190.051526.356256.13123.8997
23.6278-0.14370.12842.85181.91353.31330.228-0.3396-0.16170.5045-0.21420.21880.4806-0.2391-0.01380.1525-0.0069-0.03280.04830.02120.108816.27348.660728.0365
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA359 - 4575 - 103
2X-RAY DIFFRACTION1BB461 - 467107 - 113
3X-RAY DIFFRACTION2AA461 - 467107 - 113
4X-RAY DIFFRACTION2BB359 - 4575 - 103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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