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- PDB-2prl: The structures of apo- and inhibitor bound human dihydroorotate d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2prl
タイトルThe structures of apo- and inhibitor bound human dihydroorotate dehydrogenase reveal conformational flexibility within the inhibitor binding site
要素Dihydroorotate dehydrogenase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / protein inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / ミトコンドリア内膜 ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / ミトコンドリア内膜 / ミトコンドリア / 核質 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / フラビンモノヌクレオチド / オロト酸 / 5-METHOXY-2-[(4-PHENOXYPHENYL)AMINO]BENZOIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Walse, B. / Dufe, V.T. / Al-Karadaghi, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: The structures of human dihydroorotate dehydrogenase with and without inhibitor reveal conformational flexibility in the inhibitor and substrate binding sites
著者: Walse, B. / Dufe, V.T. / Svensson, B. / Fritzson, I. / Dahlberg, L. / Khairoullina, A. / Wellmar, U. / Al-Karadaghi, S.
履歴
登録2007年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年3月7日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2208
ポリマ－39,8571
非ポリマー1,3637
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.410, 90.410, 122.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細biological unit is a monomer

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase, mitochondrial / / E.C.1.3.3.1 / (Dihydroorotate oxidase / DHOdehase


分子量: 39856.535 Da / 分子数: 1 / 変異: N-terminus truncated / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: mitochondriaミトコンドリア / 遺伝子: DHODH / プラスミド: pET-19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02127, EC: 1.3.99.11

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非ポリマー , 7種, 238分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#5: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸 / オロト酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#6: 化合物 ChemComp-R2C / 5-METHOXY-2-[(4-PHENOXYPHENYL)AMINO]BENZOIC ACID


分子量: 335.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17NO4
#7: 化合物 ChemComp-DDQ / DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / デシルジメチルアミンオキシド


分子量: 201.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H27NO
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: DROPS WERE FORMED BY MIXING EQUAL AMOUNTS OF 18-24 MG/ML PROTEIN IN 100 MM HEPES PH 7.0, 400 MM NACL, 30% GLYCEROL, 1 MM EDTA AND 10 MM N,N- DIMETHYLUNDECYLAMIN-N-OXIDE (C11DAO) WITH A ...詳細: DROPS WERE FORMED BY MIXING EQUAL AMOUNTS OF 18-24 MG/ML PROTEIN IN 100 MM HEPES PH 7.0, 400 MM NACL, 30% GLYCEROL, 1 MM EDTA AND 10 MM N,N- DIMETHYLUNDECYLAMIN-N-OXIDE (C11DAO) WITH A PRECIPITANT SOLUTION OF 0.1 M ACETATE PH 4.8 40 MM C11DAO, 20.8 MM N,-DIMETHYLDECYLAMINE-N-OXIDE (DDAO), 2 MM DIHYDROOROTATE (DHO) THE HANGING DROPS WERE INCUBATED AGAINST 0.5 ML RESERVOIR OF 0.1 M ACETATE PH 4.8, 1.6-2.2 M AMMONIUM SULFATE AND 30% GLYCEROL., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.092 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月27日 / 詳細: mirrors
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.092 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→18.83 Å / Num. obs: 33570 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 22.487 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 12.17
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique all% possible all
2.1-2.20.3275.826848436799.5
2.2-2.30.2716.722493364399.2
2.3-2.40.2557.118935305599.1
2.4-2.60.2088.229772478598.9
2.6-2.70.1739.611800190098.9
2.7-30.1410.926614426998.4
3-40.08216.641760666597.6
4-50.0582414896238196.4
5-60.06122.86695106595.6
60.04728.68752144093.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
REFMAC5.2.0019精密化
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1d3g

1d3g


解像度: 2.1→18.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 5.642 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19441 1678 5 %RANDOM
Rwork0.16771 ---
obs0.16907 31888 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.597 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20.08 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→18.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2805 0 94 231 3130
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222963
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2982.0184013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6965376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.98422.992127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.66415500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1911531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.21499
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22028
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2080.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1350.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4871.51897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.75522929
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2731228
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0814.51079
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 122 -
Rwork0.164 2311 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
133.164113.0061-13.831152.1721-12.951927.06570.17350.27221.3518-0.2463-0.0943-3.5574-0.08982.5988-0.0792-0.0686-0.01290.08180.15510.01960.145553.204457.1639-6.2084
22.15290.47340.60291.05980.77463.58360.02160.09880.2843-0.179-0.0227-0.2891-0.40380.38670.0011-0.0357-0.03180.03420.00820.0497-0.000853.647748.2138-1.6786
31.048-0.11480.48480.68520.02950.7929-0.0093-0.00070.0480.0137-0.0104-0.0484-0.03320.14950.01970.0198-0.0102-0.00020.06310.01310.026146.907940.94837.9028
41.7204-0.47660.10760.8777-0.40311.3534-0.0133-0.0477-0.09730.0372-0.0425-0.04520.1299-0.00670.05590.01780.0054-0.00810.05790.01280.00549.990434.626518.5304
59.7682.252-12.90930.9619-3.56717.8493-0.3821.3266-0.6898-0.79020.15440.00851.1415-1.6280.22760.1176-0.0021-0.02980.2835-0.01110.033332.416926.62615.6801
63.2327-0.4141.63260.489-0.36662.2011-0.057-0.1549-0.14240.03180.0510.0330.0415-0.15730.0060.00270.00140.02720.04460.01040.004636.32334.303723.2697
70.8025-0.25250.1120.63050.09561.0815-0.0302-0.1193-0.01530.01510.00950.0575-0.0035-0.07040.0207-0.0050.0137-0.00980.04010.00010.023331.832942.36118.0704
81.1742-0.2477-0.09171.51420.19641.279-0.0128-0.02470.1932-0.0005-0.0076-0.0804-0.245-0.00250.02030.03980.0041-0.03120.0285-0.00070.041237.927254.66737.9272
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA30 - 361 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2AA37 - 778 - 48
3X-RAY DIFFRACTION3AA78 - 14849 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4AA149 - 216120 - 187
5X-RAY DIFFRACTION5AA217 - 231188 - 202
6X-RAY DIFFRACTION6AA232 - 271203 - 242
7X-RAY DIFFRACTION7AA272 - 346243 - 317
8X-RAY DIFFRACTION8AA347 - 396318 - 367

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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