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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pl7 | ||||||
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タイトル | Orhorhombic crystal structure of hydrophobin HFBII in the presence of a detergent | ||||||
要素 | Hydrophobin-2 | ||||||
キーワード | SURFACE ACTIVE PROTEIN / hydrophobin / amphiphile (両親媒性分子) / protein surfactant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Hypocrea jecorina (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å | ||||||
データ登録者 | Kallio, J.M. / Rouvinen, J.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: Crystal Structures of Hydrophobin HFBII in the Presence of Detergent Implicate the Formation of Fibrils and Monolayer Films. 著者: Kallio, J.M. / Linder, M.B. / Rouvinen, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pl7.cif.gz | 67.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pl7.ent.gz | 49.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pl7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/2pl7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/2pl7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7201.474 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hypocrea jecorina (菌類) / 参照: UniProt: P79073 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 糖 | ChemComp-HTG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.918 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.91 詳細: 0.1 M lithium sulphate, 20% polyethylene glycol (MW2000), 0.1M Tris (pH 8.5), pH 6.91, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月3日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal Si[111], horizontally focussing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1→20 Å / Num. all: 109088 / Num. obs: 107245 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 8.243 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 8.82 |
反射 シェル | 解像度: 1→1.2 Å / 冗長度: 2.35 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. measured obs: 104770 / Num. unique all: 44537 / % possible all: 96.9 |
-位相決定
Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1R2M 解像度: 1→20 Å / Num. parameters: 10287 / Num. restraintsaints: 12647 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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原子変位パラメータ | Biso mean: 10.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 8 / Occupancy sum hydrogen: 948 / Occupancy sum non hydrogen: 1073.52 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1→20 Å
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拘束条件 |
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