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万見
- PDB-2pl6: Monoclinic crystal structure of hydrophobin HFBII in presence of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pl6
タイトルMonoclinic crystal structure of hydrophobin HFBII in presence of a detergent
要素Hydrophobin-2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / hydrophobin / amphiphile (両親媒性分子) / protein surfactant
機能・相同性
機能・相同性情報


spore wall / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cerato-ulmin hydrophobin family / Fungal hydrophobin / hfbii hydrophobin / Hydrophobin / Hydrophobin superfamily / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Hypocrea jecorina (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kallio, J.M. / Rouvinen, J.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of Hydrophobin HFBII in the Presence of Detergent Implicate the Formation of Fibrils and Monolayer Films.
著者: Kallio, J.M. / Linder, M.B. / Rouvinen, J.
履歴
登録2007年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年9月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrophobin-2
B: Hydrophobin-2
C: Hydrophobin-2
D: Hydrophobin-2
E: Hydrophobin-2
F: Hydrophobin-2
G: Hydrophobin-2
H: Hydrophobin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,49511
ポリマ－57,6128
非ポリマー8833
水9,386521
1
A: Hydrophobin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2011
ポリマ－7,2011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hydrophobin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2011
ポリマ－7,2011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Hydrophobin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2011
ポリマ－7,2011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Hydrophobin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2011
ポリマ－7,2011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Hydrophobin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2011
ポリマ－7,2011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Hydrophobin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4962
ポリマ－7,2011
非ポリマー2941
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Hydrophobin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2011
ポリマ－7,2011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Hydrophobin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7903
ポリマ－7,2011
非ポリマー5892
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.080, 66.410, 79.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Hydrophobin-2 / / Hydrophobin II / HFBII


分子量: 7201.474 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hypocrea jecorina (菌類) / 参照: UniProt: P79073
#2: 糖 ChemComp-HTG / heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / HEPTYL 1-THIOHEXOPYRANOSIDE / heptyl 1-thio-beta-D-glucoside / heptyl 1-thio-D-glucoside / heptyl 1-thio-glucoside / ヘプチル1-チオ-β-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 294.408 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O5S / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.48
詳細: 0.1 M lithium sulphate, 20% polyethylene glycol (MW 2000), 0.1 M tris (pH 8.5), pH 8.48, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月8日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 62820 / Num. obs: 61949 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 31.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.5 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 19998 / % possible all: 98.4

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.81 Å
Translation2.5 Å19.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R2M

1r2m


解像度: 2.2→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 3099 4.9 %random
Rwork0.224 ---
obs-61949 98.8 %-
溶媒の処理Bsol: 58.363 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 33.302 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.624 Å20 Å2-0.284 Å2
2---3.215 Å20 Å2
3----4.409 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4033 0 57 521 4611
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.306
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.7911.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9512
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.1142
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9562.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:htg.paramCNS_TOPPAR:htg.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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