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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pi8 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of E. coli MltA with bound chitohexaose | |||||||||
要素 | Membrane-bound lytic murein transglycosylase A | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / double-psi beta-barrel / protein-sugar complex / lytic transglycosylase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / lytic transglycosylase activity / peptidoglycan turnover / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / peptidoglycan catabolic process / cell outer membrane / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å | |||||||||
データ登録者 | van Straaten, K.E. / Barends, T.R.M. / Dijkstra, B.W. / Thunnissen, A.M.W.H. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: Structure of Escherichia coli Lytic transglycosylase MltA with bound chitohexaose: implications for peptidoglycan binding and cleavage 著者: van Straaten, K.E. / Barends, T.R.M. / Dijkstra, B.W. / Thunnissen, A.M.W.H. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005 タイトル: Escherichia coli MltA: MAD phasing and refinement of a tetartohedrally twinned protein crystal structure 著者: Barends, T.R.M. / de Jong, R.M. / van Straaten, K.E. / Thunnissen, A.M.W.H. / Dijkstra, B.W. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Crystal structure of MltA from Escherichia coli reveals a unique lytic transglycosylase fold 著者: van Straaten, K.E. / Dijkstra, B.W. / Vollmer, W. / Thunnissen, A.M.W.H. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of the lytic transglycosylase MltA from Escherichia coli 著者: van Straaten, K.E. / Dijkstra, B.W. / Thunnissen, A.M.W.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pi8.cif.gz | 274.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pi8.ent.gz | 228.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pi8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/2pi8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/2pi8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38628.730 Da / 分子数: 4 / 変異: D308A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: mltA, mlt / プラスミド: pMSS / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P0A935, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.51 % |
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結晶化 | 温度: 298 K 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法, cocrystallization pH: 4.2 詳細: 1.5-2.0 M ammonium sulfate, 100mM phosphate/citrate buffer, 15mg/ml hexa-N-acetyl glucosamine, pH 4.2, vapor diffusion, hanging drop, cocrystallization, temperature 298K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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Reflection | D res high: 2.5 Å / D res low: 15 Å / % possible obs: 100
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Diffraction reflection shell |
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Reflection twin | タイプ: hemihedral / Operator: &STRIP%twin_oper / Fraction: 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.15→40 Å / Num. all: 278139 / Num. obs: 93064 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.049 / Net I/σ(I): 8.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | FOM : 0.81 / FOM acentric: 0.81 / FOM centric: 0 / 反射: 38228 / Reflection acentric: 38228 / Reflection centric: 0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.25→36 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: REFLECTION DATA ARE TETARTOHEDRALLY TWINNED. REFINEMENT REQUIRED SPECIAL TWIN-ADAPTED REFINEMENT SCRIPTS FOR CNS
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溶媒の処理 | Bsol: 29.404 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.25 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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