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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pem | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RbcX in complex with substrate | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Saschenbrecker, S. / Bracher, A. / Vasudeva Rao, K. / Vasudeva Rao, B. / Hartl, F.U. / Hayer-Hartl, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and Function of RbcX, an Assembly Chaperone for Hexadecameric Rubisco. 著者: Saschenbrecker, S. / Bracher, A. / Rao, K.V. / Rao, B.V. / Hartl, F.U. / Hayer-Hartl, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 139.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 109.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit of RbcX is a dimer. There are 3 biological units in the asymmetric unit (chains A & B, chains C & D and chains E & F). |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15284.084 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 928.016 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 459-465 / 由来タイプ: 合成 詳細: Synthetic peptide with the sequence based on Ribulose bisphosphate carboxylase large chain (RbcL) from Synechococcus sp. PCC 7002, UNP entry Q44176, RBL_SYNP2, residues 459-465 #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.53 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.4 M Sodium acetate, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月22日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.95→103.142 Å / Num. obs: 37874 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 5.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB entry 2PEN 解像度: 2.95→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 12.826 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.424 / ESU R Free: 0.308 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.682 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.95→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.95→3.025 Å / Total num. of bins used: 20
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