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万見
- PDB-3ee9: Structure of NS1 effector domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ee9
タイトルStructure of NS1 effector domain
要素Non-structural protein 1
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Zinc finger receptor / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Cytoplasm (細胞質) / Host-virus interaction / Interferon antiviral system evasion / Nucleus (Nucleus) / RNA-binding / Suppressor of RNA silencing
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytokine production / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / double-stranded RNA binding / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response ...symbiont-mediated suppression of host cytokine production / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / double-stranded RNA binding / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus non-structural protein, effector domain / Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / Nucleotidyltransferase; domain 5 / S15/NS1, RNA-binding / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Xia, S. / Monzingo, A.F. / Robertus, J.D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structure of NS1A effector domain from the influenza A/Udorn/72 virus.
著者: Xia, S. / Monzingo, A.F. / Robertus, J.D.
履歴
登録2008年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 1
B: Non-structural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7844
ポリマ－27,5922
非ポリマー1922
水2,450136
1
A: Non-structural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8922
ポリマ－13,7961
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Non-structural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8922
ポリマ－13,7961
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.924, 61.456, 132.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 1 / NS1 / NS1A


分子量: 13795.988 Da / 分子数: 2 / 断片: Effector domain (UNP residues 84-205) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Udorn/307/1972(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
株: Udorn / 遺伝子: NS / プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: P03495
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 5.5
詳細: 20% (w/v) PEG400, 0.1M CH3COONa (pH5.5), 0.1M MgSO4, Batch, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月8日 / 詳細: VariMax
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→30 Å / Num. all: 19831 / Num. obs: 19831 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 28.48
反射 シェル解像度: 2.13→2.21 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 661 / Χ2: 0.514 / % possible all: 29.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
精密化開始モデル: PDBid: 2GX9

2gx9


解像度: 2.14→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.214 / WRfactor Rwork: 0.181 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.832 / SU B: 4.685 / SU ML: 0.122 / SU R Cruickshank DPI: 0.212 / SU Rfree: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 956 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.199 18722 84.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.36 Å2 / Biso mean: 44.67 Å2 / Biso min: 19.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å20 Å20 Å2
2--1.17 Å20 Å2
3----1.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1909 0 10 143 2062
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221954
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2361.9722645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81633281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.275238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.83924.04884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.22115358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4931514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022111
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02385
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.21361
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.2936
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21055
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2780.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1850.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.25931571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3563483
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.84151941
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5187881
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.17411704
LS精密化 シェル解像度: 2.142→2.198 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 26 -
Rwork0.232 459 -
all-485 -
obs--29.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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