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- PDB-2oqb: Crystal structure of the N-terminal domain of coactivator-associa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oqb
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of coactivator-associated methyltransferase 1 (CARM1)
要素Histone-arginine methyltransferase CARM1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / Protein Arginine methyltransferase / transcriptional regulation / activation domain (活性化)
機能・相同性
機能・相同性情報


RMTs methylate histone arginines / Estrogen-dependent gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / histone H3R26 methyltransferase activity / Cytoprotection by HMOX1 / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / negative regulation of dendrite development ...RMTs methylate histone arginines / Estrogen-dependent gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / histone H3R26 methyltransferase activity / Cytoprotection by HMOX1 / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / protein-arginine N-methyltransferase activity / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / histone methyltransferase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nuclear replication fork / positive regulation of fat cell differentiation / intracellular estrogen receptor signaling pathway / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / response to cAMP / protein localization to chromatin / RNA splicing / nuclear receptor coactivator activity / lysine-acetylated histone binding / 転写後修飾 / RNA polymerase II transcription regulator complex / メチル化 / DNA-binding transcription factor binding / cell population proliferation / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Histone-arginine methyltransferase CARM1, N-terminal / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 N terminal / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-arginine methyltransferase CARM1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Cavarelli, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Functional insights from structures of coactivator-associated arginine methyltransferase 1 domains.
著者: Troffer-Charlier, N. / Cura, V. / Hassenboehler, P. / Moras, D. / Cavarelli, J.
履歴
登録2007年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
B: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7333
ポリマ－25,6972
非ポリマー351
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area11430 Å2
手法PISA, PQS
2
A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1
ヘテロ分子

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4656
ポリマ－51,3944
非ポリマー712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation4_454y-1/2,-x+1/2,z-1/41
crystal symmetry operation6_565x+1/2,-y+3/2,-z+3/41
Buried area5740 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area21460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.127, 46.127, 201.325
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1


分子量: 12848.558 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q4AE70, EC: 2.1.1.125
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 13%-16% PEG 6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→41.92 Å / Num. obs: 25232 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / Num. unique all: 2470 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.69→41.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 3.626 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1916 7.6 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.209 25381 --
obs0.209 25232 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.639 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20 Å20 Å2
2--0.44 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→41.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1634 0 1 235 1870
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2421.9372246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7345212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.3922.59777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.6415269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0411516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021266
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2649
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21125
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0131.51085
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62321695
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3583629
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5984.5551
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.737 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 154 -
Rwork0.197 1662 -
obs-1816 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.95730.3734-0.74270.788-0.22361.5527-0.0451-0.01170.0169-0.00840.03940.03280.0163-0.0160.0057-0.03290.0107-0.0033-0.0595-0.0068-0.02445.361823.230970.6708
20.8485-0.12990.01130.89820.48561.9308-0.02330.0144-0.06540.03180.0367-0.03480.12420.0959-0.0134-0.02420.00750.0093-0.03350.0015-0.01830.065224.089793.429
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA24 - 1311 - 108
22BB24 - 1291 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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