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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2on7 | ||||||
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Title | Structure of NaGST-1 | ||||||
![]() | Na Glutathione S-transferase 1 | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / ![]() ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Asojo, O.A. / Ngamelue, M. / Homma, H. / Goud, G. / Zhan, B. / Hotez, P.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: X-ray structures of Na-GST-1 and Na-GST-2 two glutathione s-transferase from the human hookworm Necator americanus Authors: Asojo, O.A. / Homma, K. / Sedlacek, M. / Ngamelue, M. / Goud, G.N. / Zhan, B. / Deumic, V. / Asojo, O. / Hotez, P.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 173.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 139.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2on5C ![]() 1tw9S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 206 / Label seq-ID: 1 - 206
|
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Components
#1: Protein | Mass: 23710.359 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Plasmid: pPICZaA / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.15 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: PEG, acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 1, 2005 / Details: mirrors |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.1→30 Å / Num. all: 47226 / Num. obs: 47226 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 31.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 19.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.2 Å / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3106 / Rsym value: 0.256 / % possible all: 66.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB 1TW9 Resolution: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 10.997 / SU ML: 0.134 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.752 / ESU R Free: 0.331 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 9.589 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→20 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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