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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nuz | ||||||
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タイトル | crystal structure of alpha spectrin SH3 domain measured at room temperature | ||||||
要素 | Spectrin alpha chain, brain | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / SH3 / beta barrel (Βバレル) / antiparallel beta sheet / room temperature (室温) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 actin filament capping / costamere / cortical actin cytoskeleton / cell projection / actin filament binding / 細胞結合 / actin cytoskeleton organization / calmodulin binding / calcium ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Agarwal, V. / Faelber, K. / Hologne, M. / Chevelkov, V. / Oschkinat, H. / Diehl, A. / Reif, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Comparison of MAS solid-state NMR and X-ray crystallographic data in the analysis of protein dynamics in the solid state 著者: Agarwal, V. / Faelber, K. / Hologne, M. / Chevelkov, V. / Oschkinat, H. / Diehl, A. / Reif, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2nuz.cif.gz | 23.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2nuz.ent.gz | 14.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2nuz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/2nuz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/2nuz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1u06S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7229.244 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / プラスミド: pET3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07751 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 200mM ammonium sulfate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.8856 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月4日 / 詳細: mirrows |
放射 | モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→32.58 Å / Num. all: 6761 / Num. obs: 6380 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 18.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.96 / Rsym value: 0.438 / % possible all: 89.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1U06 解像度: 1.85→32.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 5.072 / SU ML: 0.071 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→32.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20 /
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