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- PDB-2nlc: Human beta-defensin-1 (mutant Ser8Ala) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nlc
タイトルHuman beta-defensin-1 (mutant Ser8Ala)
要素Beta-defensin 1Beta defensin
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / antimicrobial / chemotactic (走化性) / defensin (ディフェンシン) / mutant (ミュータント (人類))
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of flagellated sperm motility involved in capacitation / microvesicle / CCR6 chemokine receptor binding / Beta defensins / ディフェンシン / : / sperm midpiece / cAMP-mediated signaling / innate immune response in mucosa / response to bacterium ...positive regulation of flagellated sperm motility involved in capacitation / microvesicle / CCR6 chemokine receptor binding / Beta defensins / ディフェンシン / : / sperm midpiece / cAMP-mediated signaling / innate immune response in mucosa / response to bacterium / Golgi lumen / 走化性 / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 免疫応答 / G protein-coupled receptor signaling pathway / 自然免疫系 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta defensin type / Beta defensin
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Beta-defensin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Pazgier, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Studies of the Biological Properties of Human beta-Defensin 1.
著者: Pazgier, M. / Prahl, A. / Hoover, D.M. / Lubkowski, J.
履歴
登録2006年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-defensin 1
B: Beta-defensin 1
C: Beta-defensin 1
D: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,33411
ポリマ－15,6984
非ポリマー6357
水3,855214
1
A: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0212
ポリマ－3,9251
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1173
ポリマ－3,9251
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0803
ポリマ－3,9251
非ポリマー1552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 4.12 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1173
ポリマ－3,9251
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
D: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

A: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

B: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

C: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,33411
ポリマ－15,6984
非ポリマー6357
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_566x,y+1,z+11
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
crystal symmetry operation1_456x-1,y,z+11
Buried area3520 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area8980 Å2
手法PISA
6
C: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

A: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1005
ポリマ－7,8492
非ポリマー2513
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_665x+1,y+1,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area4910 Å2
手法PISA
7
B: Beta-defensin 1
ヘテロ分子

D: Beta-defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2336
ポリマ－7,8492
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area1280 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area4880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.740, 33.190, 41.850
Angle α, β, γ (deg.)73.90, 85.50, 86.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Beta-defensin 1 / Beta defensin / BD-1 / Defensin / beta 1 / hBD-1


分子量: 3924.598 Da / 分子数: 4 / 断片: HUMAN BETA-DEFENSIN 1, residues 33-68 / 変異: S8A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEFB1, BD1, HBD1 / プラスミド: pAED4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysE / 参照: UniProt: P60022
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: PEG 8000, LITHIUM SULFATE, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年8月10日 / 詳細: Osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30 Å / Num. all: 14783 / Num. obs: 14783 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 0.958 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique all: 1367 / Χ2: 1.046 / % possible all: 85.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.401データ抽出
MAR345345DTBデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1IJV

1ijv


解像度: 1.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.086 / SU ML: 0.068 / SU R Cruickshank DPI: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 732 5 %RANDOM
Rwork0.166 ---
all0.168 14783 --
obs0.168 14783 92.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.276 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å2-0.03 Å2-0.67 Å2
2--0.79 Å2-0.3 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1092 0 34 214 1340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.01911510.022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.66615511.98
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8451405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.184023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.36519615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.311415
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1191560.2
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0088280.02
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.234960.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3077820.2
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1421600.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.271070.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.201380.2
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.357361.5
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.92611332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9994833
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9294184.5
X-RAY DIFFRACTIONRIGID-BOND RESTRAINTS (A**2)2.02123
X-RAY DIFFRACTIONSPHERICITY; BONDED ATOMS (A**2)305.702
LS精密化 シェル解像度: 1.649→1.692 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 52 -
Rwork0.278 942 -
obs-994 83.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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