+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nle | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human beta-defensin-1 (Mutant Gln11Ala) | ||||||
要素 | Beta-defensin 1Beta defensin | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / antimicrobial / chemotactic (走化性) / defensin (ディフェンシン) / mutant (ミュータント (人類)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of flagellated sperm motility involved in capacitation / microvesicle / CCR6 chemokine receptor binding / Beta defensins / ディフェンシン / cAMP-mediated signaling / : / sperm midpiece / innate immune response in mucosa / response to bacterium ...positive regulation of flagellated sperm motility involved in capacitation / microvesicle / CCR6 chemokine receptor binding / Beta defensins / ディフェンシン / cAMP-mediated signaling / : / sperm midpiece / innate immune response in mucosa / response to bacterium / Golgi lumen / 走化性 / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 免疫応答 / G protein-coupled receptor signaling pathway / 自然免疫系 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Lubkowski, J. / Pazgier, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: Studies of the Biological Properties of Human beta-Defensin 1. 著者: Pazgier, M. / Prahl, A. / Hoover, D.M. / Lubkowski, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2nle.cif.gz | 46.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2nle.ent.gz | 32.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2nle.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/2nle ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/2nle | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | Biological assembly is a monomer |
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3898.518 Da / 分子数: 2 / 断片: human beta-defensin 1, residues 33-68 / 変異: L13A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEFB1, BD1, HBD1 / プラスミド: pAED4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysE / 参照: UniProt: P60022 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.36 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: PEG 4000, AMMONIUM SULFATE, SODIUM ACETATE, GLYCEROL, pH 4.6, vapor diffusion, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.9718 / 波長: 0.9718 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月18日 |
放射 | モノクロメーター: Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9718 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→40 Å / Num. all: 13193 / Num. obs: 13193 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Χ2: 1.099 / Net I/σ(I): 29 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique all: 1284 / Χ2: 2.257 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1IJV 解像度: 1.35→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.047 / SU ML: 0.039 / SU R Cruickshank DPI: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.479 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.349→1.384 Å / Total num. of bins used: 20
|