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万見
- PDB-2ms7: High-resolution solid-state NMR structure of the helical signal t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ms7
タイトルHigh-resolution solid-state NMR structure of the helical signal transduction filament MAVS CARD
要素Mitochondrial antiviral-signaling protein
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / MAVS CARD filament
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of IP-10 production / regulation of peroxisome organization / RIG-I binding / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / CARD domain binding / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / protein localization to mitochondrion / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway ...positive regulation of IP-10 production / regulation of peroxisome organization / RIG-I binding / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / CARD domain binding / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / protein localization to mitochondrion / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / peroxisomal membrane / TRAF6 mediated IRF7 activation / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of interferon-alpha production / antiviral innate immune response / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of type I interferon production / ubiquitin ligase complex / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / molecular condensate scaffold activity / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of interleukin-8 production / ミトコンドリア / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / PKR-mediated signaling / positive regulation of protein import into nucleus / positive regulation of interleukin-6 production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of tumor necrosis factor production / TRAF3-dependent IRF activation pathway / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / mitochondrial outer membrane / molecular adaptor activity / defense response to bacterium / positive regulation of protein phosphorylation / 自然免疫系 / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
IPS1, CARD domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial antiviral-signaling protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法個体NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者He, L. / Bardiaux, B. / Spehr, J. / Luehrs, T. / Ritter, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structure determination of helical filaments by solid-state NMR spectroscopy.
著者: He, L. / Bardiaux, B. / Ahmed, M. / Spehr, J. / Konig, R. / Lunsdorf, H. / Rand, U. / Luhrs, T. / Ritter, C.
履歴
登録2014年7月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial antiviral-signaling protein
B: Mitochondrial antiviral-signaling protein
C: Mitochondrial antiviral-signaling protein
D: Mitochondrial antiviral-signaling protein
E: Mitochondrial antiviral-signaling protein
F: Mitochondrial antiviral-signaling protein
G: Mitochondrial antiviral-signaling protein
H: Mitochondrial antiviral-signaling protein
I: Mitochondrial antiviral-signaling protein
J: Mitochondrial antiviral-signaling protein
K: Mitochondrial antiviral-signaling protein
L: Mitochondrial antiviral-signaling protein
M: Mitochondrial antiviral-signaling protein
N: Mitochondrial antiviral-signaling protein
O: Mitochondrial antiviral-signaling protein
P: Mitochondrial antiviral-signaling protein
Q: Mitochondrial antiviral-signaling protein
R: Mitochondrial antiviral-signaling protein
S: Mitochondrial antiviral-signaling protein
T: Mitochondrial antiviral-signaling protein
U: Mitochondrial antiviral-signaling protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,16521
ポリマ－248,16521
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 ...
Mitochondrial antiviral-signaling protein / MAVS / CARD adapter inducing interferon beta / Cardif / Interferon beta promoter stimulator protein ...MAVS / CARD adapter inducing interferon beta / Cardif / Interferon beta promoter stimulator protein 1 / IPS-1 / Putative NF-kappa-B-activating protein 031N / Virus-induced-signaling adapter / VISA


分子量: 11817.363 Da / 分子数: 21 / 断片: UNP RESIDUES 1-100 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAVS, IPS1, KIAA1271, VISA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z434

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DARR
1213D NCACX
1313D NCOCX
1413D CANCO
1512D PDSD
1612D PAIN
1712D NCA
1862D NCX

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] MAVS CARD-1, H2OH2O
220 mM [1-13C]-Glc U-15N MAVS CARD-2, H2OH2O
320 mM [2-13C]-Glc U-15N MAVS CARD-3, H2OH2O
420 mM [1/2-13C]-Glc(mixed) U15N MAVS CARD-4, H2OH2O
520 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] 1:6(Unlabeled) Diluted sample MAVS CARD-5, H2OH2O
620 mM U15N mixed with U13C labeled sample MAVS CARD-6, H2OH2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMMAVS CARD-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMMAVS CARD-2[1-13C]-Glc U-15N2
20 mMMAVS CARD-3[2-13C]-Glc U-15N3
20 mMMAVS CARD-4[1/2-13C]-Glc(mixed) U15N4
20 mMMAVS CARD-5[U-99% 13C; U-99% 15N] 1:6(Unlabeled) Diluted sample5
20 mMMAVS CARD-6U15N mixed with U13C labeled sample6
試料状態イオン強度: 0 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmrCCPNデータ解析
CcpNmrCCPNchemical shift assignment
ARIA2.3.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA2.3.2Linge, O'Donoghue and Nilgesデータ解析
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
ARIA/CNS精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Simulated annealing with helical symmetry constrained by strict NCS.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 15 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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