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万見
- PDB-2mcy: CR1 Sushi domains 2 and 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mcy
タイトルCR1 Sushi domains 2 and 3
要素Complement receptor type 1
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / CR1 / PfRh4 / malaria (マラリア) / CCP
機能・相同性
機能・相同性情報


complement component C4b receptor activity / immune complex clearance by erythrocytes / complement component C3b receptor activity / positive regulation of serine-type endopeptidase activity / negative regulation of complement activation, alternative pathway / complement component C4b binding / negative regulation of immunoglobulin production / negative regulation of activation of membrane attack complex / negative regulation of complement activation, classical pathway / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity ...complement component C4b receptor activity / immune complex clearance by erythrocytes / complement component C3b receptor activity / positive regulation of serine-type endopeptidase activity / negative regulation of complement activation, alternative pathway / complement component C4b binding / negative regulation of immunoglobulin production / negative regulation of activation of membrane attack complex / negative regulation of complement activation, classical pathway / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / negative regulation of complement activation / ATP export / positive regulation of activation of membrane attack complex / plasma membrane organization / T cell mediated immunity / negative regulation of plasma cell differentiation / complement component C3b binding / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of regulatory T cell differentiation / complement activation, alternative pathway / negative regulation of interleukin-2 production / plasma membrane raft / ficolin-1-rich granule membrane / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of T cell proliferation / complement activation, classical pathway / secretory granule membrane / Regulation of Complement cascade / virus receptor activity / 細胞骨格 / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell population proliferation / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / リボン / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Park, H.J. / Guariento, M.J. / Maciejewski, M. / Hauart, R. / Tham, W. / Cowman, A.F. / Schmidt, C.Q. / Martens, H. / Liszewski, K.M. / Hourcade, D. ...Park, H.J. / Guariento, M.J. / Maciejewski, M. / Hauart, R. / Tham, W. / Cowman, A.F. / Schmidt, C.Q. / Martens, H. / Liszewski, K.M. / Hourcade, D. / Barlow, P.N. / Atkinson, J.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Using Mutagenesis and Structural Biology to Map the Binding Site for the Plasmodium falciparum Merozoite Protein PfRh4 on the Human Immune Adherence Receptor.
著者: Park, H.J. / Guariento, M. / Maciejewski, M. / Hauhart, R. / Tham, W.H. / Cowman, A.F. / Schmidt, C.Q. / Mertens, H.D. / Liszewski, M.K. / Hourcade, D.E. / Barlow, P.N. / Atkinson, J.P.
履歴
登録2013年8月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Database references
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement receptor type 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6751
ポリマ－14,6751
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Complement receptor type 1 / C3b/C4b receptor


分子量: 14675.493 Da / 分子数: 1 / 断片: Sushi domains 2 and 3(UNP residues 102-233) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CR1, C3BR / プラスミド: pPICZaB / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P17927

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: Recombinant CR1 fragment, domains 2-3
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D CBCA(CO)NH
1213D HN(CA)CB
1313D HBHA(CO)NH
1413D HNCO
1513D 1H-13C NOESY
1613D 1H-15N NOESY
1712D 1H-15N HSQC
1812D 1H-13C HSQC
1923D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CR1_2-3, 10 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CR1_2-3, 10 mM sodium phosphate, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMCR1_2-3-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 mMsodium phosphate-21
0.8 mMCR1_2-3-3[U-99% 13C; U-99% 15N]2
10 mMsodium phosphate-42
試料状態pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAvance6001
Bruker AvanceBrukerAvance8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TOPSPINBruker Biospincollection
AZARABoucher解析
X-PLOR_NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR_NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CCPNmr_AnalysisCCPNchemical shift assignment
CCPNmr_AnalysisCCPNpeak picking
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurquality assessment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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