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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mat | ||||||
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タイトル | E.COLI METHIONINE AMINOPEPTIDASE AT 1.9 ANGSTROM RESOLUTION | ||||||
要素 | PROTEIN (METHIONINE AMINOPEPTIDASE) | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE(ALPHA-AMINOACYLPEPTIDE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / initiator methionyl aminopeptidase activity / メチオニルアミノペプチダーゼ / metalloaminopeptidase activity / ferrous iron binding / タンパク質分解 / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Lowther, W.T. / Orville, A.M. / Madden, D.T. / Lim, S. / Rich, D.H. / Matthews, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Escherichia coli methionine aminopeptidase: implications of crystallographic analyses of the native, mutant, and inhibited enzymes for the mechanism of catalysis. 著者: Lowther, W.T. / Orville, A.M. / Madden, D.T. / Lim, S. / Rich, D.H. / Matthews, B.W. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998 タイトル: The anti-angiogenic agent fumagillin covalently modifies a conserved active-site histidine in the Escherichia coli methionine aminopeptidase. 著者: Lowther, W.T. / McMillen, D.A. / Orville, A.M. / Matthews, B.W. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Structure of the cobalt-dependent methionine aminopeptidase from Escherichia coli: a new type of proteolytic enzyme. 著者: Roderick, S.L. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2mat.cif.gz | 67.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2mat.ent.gz | 47.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2mat.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/2mat ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/2mat | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29341.775 Da / 分子数: 1 / 変異: R175Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SITE-DIRECTED MUTANT / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET28B / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P07906, UniProt: P0AE18*PLUS, メチオニルアミノペプチダーゼ | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | GLN 175, SITE-DIRECTED MUTANT | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.4 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: CRYSTALS OF THE CO(II)-SUBSTITUTED ENZYME WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE BY VAPOR DIFFUSION IN 20-30 UL SITTING DROPS AFTER MIXING THE PROTEIN, 12 MG/ML SOLUTION IN STORAGE BUFFER(25 MM HEPES ...詳細: CRYSTALS OF THE CO(II)-SUBSTITUTED ENZYME WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE BY VAPOR DIFFUSION IN 20-30 UL SITTING DROPS AFTER MIXING THE PROTEIN, 12 MG/ML SOLUTION IN STORAGE BUFFER(25 MM HEPES PH 6.8, 25 MM K2SO4, 100 MM NACL, 1 MM COCL2, 15 MM METHIONINE),CONTAINING 48.8 MM N-OCTANOYL SUCROSE, 1:1 WITH WELL SOLUTIONS (24-26% PEG4000, 0.1M HEPES PH7.0-7.2,FRESH 2 MM COCL2)., pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: drop consists of 1:1 mixture of well and protein solutions PH range low: 7.2 / PH range high: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月10日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→35.5 Å / Num. obs: 18444 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 22.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Rsym value: 0.251 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 94123 / Rmerge(I) obs: 0.077 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.251 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1MAT 解像度: 1.9→35.5 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: TNT / Bsol: 212.2 Å2 / ksol: 0.825 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5F / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.013 / Weight: 5 |