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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2m32 | ||||||
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タイトル | Alpha-1 integrin I-domain in complex with GLOGEN triple helical peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / alpha-1 integrin / I-domain / GLOGEN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular extravasation / integrin alpha1-beta1 complex / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / Other semaphorin interactions / CHL1 interactions / Laminin interactions / basal part of cell / Platelet Adhesion to exposed collagen / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin ...cellular extravasation / integrin alpha1-beta1 complex / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / Other semaphorin interactions / CHL1 interactions / Laminin interactions / basal part of cell / Platelet Adhesion to exposed collagen / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / Smooth Muscle Contraction / Integrin cell surface interactions / collagen binding / 好中球 / cell-matrix adhesion / neuron projection morphogenesis / acrosomal vesicle / integrin-mediated signaling pathway / 細胞接着 / vasodilation / positive regulation of neuron apoptotic process / integrin binding / perikaryon / protein phosphatase binding / positive regulation of MAPK cascade / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / focal adhesion / 細胞膜 / extracellular exosome / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
データ登録者 | Chin, Y. / Headey, S. / Mohanty, B. / McEwan, P. / Swarbrick, J. / Mulhern, T. / Emsley, J. / Simpson, J. / Scanlon, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013 タイトル: The Structure of Integrin alpha 1I Domain in Complex with a Collagen-mimetic Peptide. 著者: Chin, Y.K. / Headey, S.J. / Mohanty, B. / Patil, R. / McEwan, P.A. / Swarbrick, J.D. / Mulhern, T.D. / Emsley, J. / Simpson, J.S. / Scanlon, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2m32.cif.gz | 815.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2m32.ent.gz | 709.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2m32.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/2m32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/2m32 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21513.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56199 | ||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1962.060 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetically obtained #3: 化合物 | ChemComp-MG / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Alpha-1 integrin, 2.4 mM GLOGEN, 50 mM HEPES, 50 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.1 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |