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- PDB-2lah: Solution NMR Structure of Mitotic checkpoint serine/threonine-pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lah
タイトルSolution NMR Structure of Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 N-terminal domain from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR5460A (Methods Development)
要素Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / APOPTOSIS (アポトーシス) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Protein NMR / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) / Target HR5460A / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Methods Development
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2A kinase activity / positive regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / regulation of sister chromatid cohesion / regulation of chromosome segregation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / outer kinetochore / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation ...histone H2A kinase activity / positive regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / regulation of sister chromatid cohesion / regulation of chromosome segregation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / outer kinetochore / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / 動原体 / Separation of Sister Chromatids / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / リン酸化 / 細胞分裂 / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / 核質 / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #430 / Mad3/Bub1 homology region 1 / Mitotic spindle checkpoint protein Bub1/Mad3 / Mad3/BUB1 homology region 1 / BUB1 N-terminal domain profile. / Mad3/BUB1 hoMad3/BUB1 homology region 1 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #430 / Mad3/Bub1 homology region 1 / Mitotic spindle checkpoint protein Bub1/Mad3 / Mad3/BUB1 homology region 1 / BUB1 N-terminal domain profile. / Mad3/BUB1 hoMad3/BUB1 homology region 1 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, torsion angle dynamics, simulated annealing, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Liu, G. / Xiao, R. / Lee, H. / Hamilton, K. / Acton, T.B. / Ciccosanti, C. / Everett, J.K. / Shastry, R.T. / Huang, Y.J. / Montelione, G.T. ...Liu, G. / Xiao, R. / Lee, H. / Hamilton, K. / Acton, T.B. / Ciccosanti, C. / Everett, J.K. / Shastry, R.T. / Huang, Y.J. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium, n. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target HR5460A
著者: Liu, G. / Shastry, R. / Ciccosanti, C. / Hamilton, K. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T.
履歴
登録2011年3月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2091
ポリマ－19,2091
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 / hBUB1 / BUB1A


分子量: 19209.490 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BUB1, BUB1L / プラスミド: pET 14-15C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O43683, non-specific serine/threonine protein kinase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D 1H-13C arom NOESY
1713D simutaneous 13C-aromatic,13C-aliphatic,15N edited 1H-1H NOESY
1822D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.164 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR5460A, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.033 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] HR5460A, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.164 mMHR5460A-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1.033 mMHR5460A-2[U-10% 13C; U-100% 15N]2
試料状態pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readrefinemen,structure solution,geometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichrefinement,geometry optimization,structure solution
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelionedata analysis,refinement
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionedata analysis,chemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.data analysis,peak picking,chemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
VnmrJVariancollection
SparkyGoddardデータ解析
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
CYANA精密化
CNS精密化
精密化手法: distance geometry, torsion angle dynamics, simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 4690
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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