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万見
- PDB-2kx9: Solution Structure of the Enzyme I dimer Using Residual Dipolar C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kx9
タイトルSolution Structure of the Enzyme I dimer Using Residual Dipolar Couplings and Small Angle X-Ray Scattering
要素Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferasePhosphoenolpyruvate—protein phosphotransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / SUGAR PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM / PTS
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / リン酸化 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, enzyme I / Phosphotransferase system, enzyme I-like / Phosphotransferase system, enzyme I N-terminal / PtsI, HPr-binding domain superfamily / PEP-utilising enzyme, N-terminal / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal ...Phosphotransferase system, enzyme I / Phosphotransferase system, enzyme I-like / Phosphotransferase system, enzyme I N-terminal / PtsI, HPr-binding domain superfamily / PEP-utilising enzyme, N-terminal / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Phosphohistidine domain superfamily / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / simulated annealing
Model detailsregularized mean of the 99 structures that are reported in primary citation
データ登録者Schwieters, C.D. / Suh, J. / Grishaev, A. / Takayama, Y. / Guirlando, R. / Clore, G.
引用ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2010
タイトル: Solution structure of the 128 kDa enzyme I dimer from Escherichia coli and its 146 kDa complex with HPr using residual dipolar couplings and small- and wide-angle X-ray scattering.
著者: Charles D Schwieters / Jeong-Yong Suh / Alexander Grishaev / Rodolfo Ghirlando / Yuki Takayama / G Marius Clore /
要旨: The solution structures of free Enzyme I (EI, ∼128 kDa, 575 × 2 residues), the first enzyme in the bacterial phosphotransferase system, and its complex with HPr (∼146 kDa) have been solved using ...The solution structures of free Enzyme I (EI, ∼128 kDa, 575 × 2 residues), the first enzyme in the bacterial phosphotransferase system, and its complex with HPr (∼146 kDa) have been solved using novel methodology that makes use of prior structural knowledge (namely, the structures of the dimeric EIC domain and the isolated EIN domain both free and complexed to HPr), combined with residual dipolar coupling (RDC), small- (SAXS) and wide- (WAXS) angle X-ray scattering and small-angle neutron scattering (SANS) data. The calculational strategy employs conjoined rigid body/torsion/Cartesian simulated annealing, and incorporates improvements in calculating and refining against SAXS/WAXS data that take into account complex molecular shapes in the description of the solvent layer resulting in a better representation of the SAXS/WAXS data. The RDC data orient the symmetrically related EIN domains relative to the C(2) symmetry axis of the EIC dimer, while translational, shape, and size information is provided by SAXS/WAXS. The resulting structures are independently validated by SANS. Comparison of the structures of the free EI and the EI-HPr complex with that of the crystal structure of a trapped phosphorylated EI intermediate reveals large (∼70-90°) hinge body rotations of the two subdomains comprising the EIN domain, as well as of the EIN domain relative to the dimeric EIC domain. These large-scale interdomain motions shed light on the structural transitions that accompany the catalytic cycle of EI.
履歴
登録2010年4月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase
B: Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,8392
ポリマ－126,8392
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)2 / 120target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase / Phosphoenolpyruvate—protein phosphotransferase / Phosphotransferase system / enzyme I


分子量: 63419.344 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-573 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ptsI, b2416, JW2409 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 StarTM (DE3)
参照: UniProt: P08839, phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
溶液散乱
NMR実験タイプ: TROSY-based 1H-15N correlation spectroscopy

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試料調製

詳細内容: 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 4 mM MgCl2, 1 mM EDTA, 10 % D2O, 1 tablet protease inhibitor, 0.15 mM EI dimer, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
20 mMTRIS-11
100 mMsodium chloride-21
10 mMDTT-31
4 mMMgCl2-41
1 mMEDTA-51
10 %D2O-61
1 %protease inhibitor-71
0.15 mMEI dimer-81
試料状態pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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データ収集

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 800 MHz
Soln scatter

Data analysis software list: GNOM / Protein length: 150 / Sample pH: 7.4 / 温度: 298 K

タイプIDConc. range (mg/ml)検出器タイプMean guiner radius (nm)Num. of time framesSource beamlineSource classSource type
x-ray12.5-5Gold CCD41.9202.12-IDCYALS
neutron2544.230M NG3NNIST NCNR

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Xplor-NIH2.25Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
Xplor-NIH2.25Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE STATISTICS: MODEL 1: SAXS CHI2 Q->0.44: 0.43 SAXS CHI2 FULL RANGE: 2.26 SANS CHI2: 0.39 RDC R-FACTOR: 18.03 % RDC DA: 14.5 HZ RDC RH: 0.49 MODEL 2: SAXS CHI2 Q->0.44: 0.40 SAXS CHI2 ...詳細: STRUCTURE STATISTICS: MODEL 1: SAXS CHI2 Q->0.44: 0.43 SAXS CHI2 FULL RANGE: 2.26 SANS CHI2: 0.39 RDC R-FACTOR: 18.03 % RDC DA: 14.5 HZ RDC RH: 0.49 MODEL 2: SAXS CHI2 Q->0.44: 0.40 SAXS CHI2 FULL RANGE: 1.99 SANS CHI2: 0.58 RDC R-FACTOR: 18.07 RDC DA: 14.5 HZ RDC RH: 0.48 AVERAGE OVER THE FULL 99-MEMBER ENSEMBLE: SAXS CHI2 Q->0.44: 0.29 +/- 0.05 SAXS CHI2 FULL RANGE: 1.34 +/- 0.27 SANS CHI2: 0.41 +/- 0.08 RDC R-FACTOR: 18.07 +/- 0.02 % RDC DA: 14.5 +/- 0.1 HZ RDC RH: 0.49 +/- 0.00
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 120 / 登録したコンフォーマーの数: 2
Soln scatter modelコンフォーマー選択の基準: REGULARIZED MEAN OF 99 MODELS
詳細: The initial structure of the EI dimer was constructed as a hybrid of the crystal structure of phosphorylated EI intermediate captured by the inhibitor oxalate (PDB code 2HWG) and the NMR ...詳細: The initial structure of the EI dimer was constructed as a hybrid of the crystal structure of phosphorylated EI intermediate captured by the inhibitor oxalate (PDB code 2HWG) and the NMR structure of the EIN-HPr complex (PDB code 3EZA). Throughout the structure determination, the backbone atomic coordinates of each EIN domain (residues 1-254) were treated as rigid bodies, with the two symmetry related EIC domains (residues 262- 573) held fixed in space. Coordinates in the linker region (residues 255-261) were allowed varying degrees of freedom during the calculation through the use of the internal variable module (IVM) of Xplor-NIH. This entry corresponds to the regularized mean of the 99 structures for which data was reported in the primary publication, with the B-factor column representing the per-atom spread (in B-factor units). The calculated structural statistics for the original 99 structures and for the regularized mean are shown below.
Entry fitting list: PDB ENTRIES 2HWG AND 3EZA / Num. of conformers calculated: 99 / Num. of conformers submitted: 1 / 代表コンフォーマー: 1 / Software list: GNOM,XPLOR-NIH

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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