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万見
- PDB-2ks1: Heterodimeric association of Transmembrane domains of ErbB1 and E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ks1
タイトルHeterodimeric association of Transmembrane domains of ErbB1 and ErbB2 receptors Enabling Kinase Activation
要素
  • Epidermal growth factor receptor上皮成長因子受容体
  • Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / ErbB1 (上皮成長因子受容体) / ErbB2 (HER2) / transmembrane (膜貫通型タンパク質) / heterodimer / complex / tyrosine kinase receptor (受容体型チロシンキナーゼ) / bicelles
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / semaphorin receptor complex / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse ...negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / semaphorin receptor complex / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / motor neuron axon guidance / response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of protein kinase C activity / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / 月経周期 / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / response to UV-A / epidermal growth factor binding / PLCG1 events in ERBB2 signaling / tongue development / midgut development / ERBB2-EGFR signaling pathway / hydrogen peroxide metabolic process / PTK6 promotes HIF1A stabilization / digestive tract morphogenesis / regulation of nitric-oxide synthase activity / neuromuscular junction development / positive regulation of Rho protein signal transduction / morphogenesis of an epithelial fold / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / intracellular vesicle / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / Signaling by EGFR / response to cobalamin / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by ERBB4 / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / eyelid development in camera-type eye / oligodendrocyte differentiation / protein insertion into membrane / cerebral cortex cell migration / ERBB2 Regulates Cell Motility / semaphorin-plexin signaling pathway / regulation of JNK cascade / : / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell adhesion / negative regulation of mitotic cell cycle / hair follicle development / MAP kinase kinase kinase activity / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / positive regulation of protein targeting to membrane / embryonic placenta development / positive regulation of bone resorption / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / GAB1 signalosome / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / regulation of angiogenesis / coreceptor activity / Schwann cell development / salivary gland morphogenesis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / Signaling by ERBB2 / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to cadmium ion / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / positive regulation of DNA repair / EGFR Transactivation by Gastrin / 髄鞘 / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Immunoglobulin FC, subunit C / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily ...Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Immunoglobulin FC, subunit C / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
上皮成長因子受容体 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Mineev, K.S. / Bocharov, E.V. / Pustovalova, Y.E. / Bocharova, O.V. / Chupin, V.V. / Arseniev, A.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Spatial Structure of the Transmembrane Domain Heterodimer of ErbB1 and ErbB2 Receptor Tyrosine Kinases
著者: Mineev, K.S. / Bocharov, E.V. / Pustovalova, Y.E. / Bocharova, O.V. / Chupin, V.V. / Arseniev, A.S.
履歴
登録2009年12月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
B: Epidermal growth factor receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4692
ポリマ－9,4692
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)12 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 / p185erbB2 / C-erbB-2 / NEU proto-oncogene / Tyrosine kinase-type cell surface receptor HER2 / MLN 19


分子量: 4734.805 Da / 分子数: 1 / 断片: ErbB2TM domain, UNP residues 641-684 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERBB2, HER2, NEU, NGL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P04626, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: タンパク質・ペプチド Epidermal growth factor receptor / 上皮成長因子受容体 / Receptor tyrosine-protein kinase ErbB-1


分子量: 4733.849 Da / 分子数: 1 / 断片: ErbB1TM domain, UNP residues 634-677 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00533, 受容体型チロシンキナーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Solution structure of the heterodimeric complex fromed by transmembrane segments of ErbB1 and ErbB2 receptors inlipidic bicelles
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1333D HNCA
1433D HN(CO)CA
1533D 1H-15N NOESY
1633D 1H-15N TOCSY
1723D (H)CCH-TOCSY
1823D 1H-13C NOESY
1923d-13Cfilt NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] ErbB1TM-1, 1 mM [U-100% 15N] ErbB2TM-2, 12 mM DMPC-3, 48 mM DHPC-4, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ErbB1TM-5, 1 mM ErbB2TM-6, 12 mM [U-2H] DMPC-7, 48 mM [U-2H] DHPC-8, 100% D2O100% D2O
31 mM ErbB1TM-9, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ErbB2TM-10, 12 mM [U-2H] DMPC-11, 48 mM [U-2H] DHPC-12, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ErbB1TM-13, 1 mM ErbB2TM-14, 12 mM [U-2H] DMPC-15, 48 mM [U-2H] DHPC-16, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMErbB1TM-1[U-100% 15N]1
1 mMErbB2TM-2[U-100% 15N]1
12 mMDMPC-31
48 mMDHPC-41
1 mMErbB1TM-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
1 mMErbB2TM-62
12 mMDMPC-7[U-2H]2
48 mMDHPC-8[U-2H]2
1 mMErbB1TM-93
1 mMErbB2TM-10[U-100% 13C; U-100% 15N]3
12 mMDMPC-11[U-2H]3
48 mMDHPC-12[U-2H]3
1 mMErbB1TM-13[U-100% 13C; U-100% 15N]4
1 mMErbB2TM-144
12 mMDMPC-15[U-2H]4
48 mMDHPC-16[U-2H]4
試料状態イオン強度: 10 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.4Keller and Wuthrichデータ解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 722 / NOE intraresidue total count: 382 / NOE long range total count: 13 / NOE medium range total count: 123 / NOE sequential total count: 204
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 12 / Maximum upper distance constraint violation: 0.2 Å / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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